Thèse soutenue

Élaboration et mise en oeuvre d'une approche de caractérisation systémique d'un agent étiologique émergent à fort impact économique et de moyens de lutte biologique : application à la maladie de la feuille cassante du palmier dattier (Phoenix dactylifera L.)
FR  |  
EN
Accès à la thèse
Auteur / Autrice : Inès Ben Chobba Kadri
Direction : Tatiana VallaeysNéji Gharsallah
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Ecosystèmes et sciences agronomiques
Date : Soutenance le 07/06/2013
Etablissement(s) : Montpellier 2 en cotutelle avec Université de Sfax. Faculté des sciences
Ecole(s) doctorale(s) : Systèmes Intégrés en Biologie, Agronomie, Géosciences, Hydrosciences, Environnement (Montpellier ; École Doctorale ; 2009-2015)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Ecosystèmes lagunaires (Montpellier)
Jury : Président / Présidente : Brigitte Brunel
Examinateurs / Examinatrices : Tatiana Vallaeys, Néji Gharsallah, Brigitte Brunel, Sophie Cliquet, Emna Ammar, Ahmed Namsi
Rapporteurs / Rapporteuses : Sophie Cliquet, Emna Ammar

Mots clés

FR  |  
EN

Résumé

FR  |  
EN

La Maladie de la Feuille Cassante du Palmier dattier (Phoenix dactylifera L.) constitue un cas d'émergence d'une maladie à fort impact économique causée par un agent étiologique inconnu. Notre stratégie a visé à élaborer une approche sans à priori de l'émergence pouvant être transposée à n'importe quelle situation de ce type. En nous appuyant sur des caractérisations successives des compartiments viraux, bactériens et fongiques de tissus sains et malades, nous avons cherché à mettre en évidence des différences de composition spécifiques et de distribution de ces flores sur 2 campagnes de prélèvements réalisées en 2010 et 2012. Alors que la microscopie électronique à transmission nous a permis de visualiser des structures d'origine virale probable au niveau des chloroplastes du parenchyme chlorophyllien, une étude moléculaire de séquençage de gènes ribosomaux nous a permis de corréler l'apparition de ces structures a de profondes modifications qualitative et quantitative de la microflore endophyte. Ainsi il nous est apparu que la symptomologie de la maladie était corrélée à une modification profonde de la distribution spécifique de la microflore endophyte, visible à la fois au niveau du compartiment fongique et bactérien, suggérant la complète disparition de la pression de sélection exercée par le palmier sain sur sa flore et mise en évidence dans les 2 cas, par un shift d'une répartition de type Poisson vers une répartition normale. Dans le compartiment fongique, une claire déplétion des Pleosporaceae, associées à la plante saine pouvait ainsi être liée à une apparition de nouvelles familles (Trichocomaceae et Mycosphaerellaceae). De même, parmi les bactéries, une disparition des Rhizobium et Ensifer sp associés au compartiment racinaire de la plante saine a ainsi pu être mise en évidence, ces espèces pouvant servir ultérieurement d'indicatrices de bonne santé des palmiers. Dans une deuxième partie de notre travail nous avons cherché à utiliser des éléments de la flore endophyte mais également de substances naturelles dans la lutte biologique contre d'autres pathogènes du palmier. Ainsi, un antagonisme a été mis en évidence entre une souche endophyte d'Arthrobacter agilis et un pathogène majeur, Fusarium oxysporum sp Albedinis