Achromobacter xylosoxidans : épidémiologie au centre de ressources et de compétences de la mucoviscidose de Dijon et réservoir environnemental

Achromobacter xylosoxidans : epidemiology among cystic fibrosis patients in Dijon, Burgundy and environmental reservoir

• Auteur / Autrice : Lucie Amoureux
• Direction : Catherine Neuwirth
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie
• Date : Soutenance le 12/12/2013
• Etablissement(s) : Dijon
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire du CHU de Dijon : Laboratoire de bactériologie du CHU de Dijon
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de bactériologie du CHU de Dijon
• Jury : Président / Présidente : Frédéric Huet
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jocelyne Caillon
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Hélène Marchandin, Sylvie Nazaret

Mots clés

Mots clés contrôlés

Contamination

Infections à bactéries Gram négatives

Mucoviscidose

Résistance aux antibiotiques

Mots clés libres

Achromobacter xylosoxidans

Mucoviscidose

Réservoir

Épidémiologie

Résistance

Milieu sélectif MCXVAA

OXA-114

OXA-243

DiversiLab

Environnement

Achromobacter xylosoxidans

Cystic fibrosis

Reservoir

Epidemiology

Resistance

Selective medium MCXVAA

OXA-114

OXA-243

DiversiLab

Environment

Résumé

Achromobacter xylosoxidans est un bacille à Gram négatif non fermentaire émergent dans la mucoviscidose. A Dijon, la prévalence de patients colonisés est élevée au Centre de Ressources et de Compétences de la Mucoviscidose par rapport à la moyenne nationale, et augmente également chez des patients hospitalisés atteints d’autres pathologies. Les réservoirs et le mode de contamination des patients sont inconnus.Les objectifs de ce travail étaient de décrire la situation épidémiologique dans notre CRCM et de mettre en évidence d’éventuelles sources de contamination pour les malades en Bourgogne.Dans une première étude rétrospective, toutes les souches d’A. xylosoxidans isolées chez les patients du CRCM depuis le début de leur suivi jusqu’en 2010 ont été analysées. Sur 120 patients, 21 ont présenté au moins une culture positive. Le génotypage par électrophorèse en champ pulsé n’a montré que de rares cas de transmissions croisées. Les résistances acquises aux antibiotiques sont fréquentes : ciprofloxacine (dès primocolonisation), ceftazidime et carbapénèmes (colonisations chroniques). Notre protocole de détection d’A. xylosoxidans dans l’environnement a permis d’isoler 50 souches (lavabos, douches, rivières, lacs) : 33 à l’hôpital, 9 à domicile et 8 dans la nature. Ces isolats partagent des caractéristiques avec les souches cliniques : 6 génotypes communs et résistance constante à la ciprofloxacine. Le risque de contamination des patients à domicile ou à l’hôpital est donc réel.D’autres études sont en cours afin de mieux comprendre l’émergence de cette bactérie, ses mécanismes de résistance acquise aux antibiotiques et les facteurs favorisant sa sélection dans l’environnement.

Achromobacter xylosoxidans is an aerobic nonfermentative Gram-Negative rod considered as an important emerging pathogen among cystic fibrosis (CF) patients worldwide. In Dijon (Burgundy), the prevalence of colonised patients is high among CF patients and increasing among non-CF hospitalised patients. The natural habitat of this organism as well as the possible sources of patient contamination remain unknown.The aims of this study were to report the first epidemiological data about A. xylosoxidans in a French CF centre and to identify potential reservoirs of this organism in Burgundy. In a retrospective study, all the isolates recovered from the patients affiliated with our centre in 2010 since their first visit were analysed. Out of 120 patients, 21 (17.5%) had at least one positive culture with A. xylosoxidans. Genotyping analysis by Pulsed Field Gel Electrophoresis revealed that cross-Contamination was very rare. Acquired resistance was frequent to ciprofloxacin (since primocolonisation), to ceftazidime and to carbapenems (in persistent colonisations). Thanks to our protocol designed to detect A. xylosoxidans in environment, a total of 50 strains were isolated in hospital (33 isolates), domestic (9 isolates) and outdoor (8 isolates) samples, mainly in handwashing sinks, showers, and water. These environmental isolates shared characteristics with clinical ones: 6 genotypes in common and a constant resistance to ciprofloxacin. These results reveal potential sources of contamination for the patients at home or in hospital. Further studies are needed to help understanding the emergence of this bacterium and the mechanisms involved in acquired antibiotic resistance.