Dynamique et génétique des populations de cistude d'Europe Emys orbicularis

Population dynamics and genetics of European Pond Turtle Emys orbicularis

• Auteur / Autrice : Sébastien Ficheux
• Direction : François Bretagnolle, Alain Crivelli, Rémi Wattier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie
• Date : Soutenance le 20/12/2013
• Etablissement(s) : Dijon
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Biogéosciences (Dijon)
• Jury : Président / Présidente : Loïc Bollache
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Albert Bertolero
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Roger Pradel, Olivier Verneau

Mots clés

Mots clés contrôlés

Animaux -- Populations

Cistude d'Europe

Information génétique

Mots clés libres

Conservation

Capture-marque-recapture

Densité-dépendance

Dispersion

Dynamique

Emys orbicularis

Fragmentation

Génétique

Metapopulation

Résumé

La dispersion, caractérisée par les mouvements d’individus dans l’espace conduisant à la production d’un flux de gènes, permet la connectivité des populations. L’étude de la dispersion est devenue d’une importance primordiale pour prédire les conséquences des changements globaux sur la structure et la dynamique des populations. Les espèces à dispersion limitées, comme les chéloniens, sont particulièrement menacées par ces phénomènes. Cette étude se propose d’analyser la dispersion chez la Cistude d’Europe (Emys orbicularis), en régression en Europe, dans un contexte de fragmentation d’habitats et de déterminer les causes de ce comportement via l’analyse de la dynamique et de la génétique des populations. Nos résultats montrent, d’une part, que les temps de générations lents chez les cistudes (environ 12 ans) peuvent ralentir les phénomènes d’érosion génétique par dérive. Cette érosion lente est accentuée en présence de grandes populations même en milieu très fragmenté. D’autre part, la sélection aurait favorisée la philopatrie chez les femelles cistudes dans les milieux peu riches en site de ponte et de faible densité d’individus car elles ont un avantage à la territorialité. A l’inverse, le coût à la dispersion diminuerait pour les mâles car ce comportement éviterait la consanguinité. Les cistudes semblent donc très sensibles à la compétition intra-spécifique. En effet, la relaxation de la densité-dépendance des adultes permet un recrutement important de juvéniles. Cette dynamique favoriserait une récupération rapide des effectifs après une importante perturbation, ce qui est surprenant pour une espèce longévive dont les temps de résilience sont supposés lents.

Dispersal, characterized by the movements of individuals in space leading to gene flows, allows populations to connect. The study of dispersal has become of essential importance to predict the consequences of global changes on the population structures and dynamics. Species with limited dispersal, such as chelonians, are particularly threatened by these phenomena. Our study aimed at analyzing the dispersal of the European pond turtle (Emys orbicularis), in decline in Europe, in a habitats fragmentation context and determining the causes of this behavior through analysis of population dynamics and genetics. Our results show, firstly, that the slow generation time in Emys orbicularis (about 12 years) may slow the genetic erosion by drift. This slow erosion is accentuated with large populations such as Kerkini populations, even with a strong fragmentation. On the other hand, selection would have favored philopatry in females in habitats with few nesting site and deers, because they have the advantage of territoriality. In contrast, the cost of dispersal decreases for males because this behavior allows inbreeding avoidance. The European pond turtles seem very sensitive to intra-specific competition. Indeed, the relaxation of adult density-dependence allows for a significant recruitment of juveniles. This dynamic promotes an unexpected rapid response of the population after a major disturbance, because chelonians are long-lived animals with a late age of first reproduction and very high generation time, therefore, the time of resilience to perturbations is also expected to be high.