Le marsouin commun et le phoque gris en mer d'Iroise et le long de la façade Atlantique française : génétique des populations et modifications de l'écosystème

The harbour porpoise and the grey seal in Iroise sea and along french atlantic coasts : population genetic and ecosystem modifications

• Auteur / Autrice : Eric Alfonsi
• Direction : Yves-Marie Paulet, Jean-Luc Jung
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Océanologie biologique
• Date : Soutenance le 26/09/2013
• Etablissement(s) : Brest
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la mer (Plouzané, Finistère)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire des sciences de l’environnement marin (Plouzané, Finistère) - Laboratoire de Biologie et GEnétique des Mammifères Marins dans leur Environnement (Brest, Finistère) - Laboratoire d'étude des mammifères marins (Brest, Finistère)
• Jury : Président / Présidente : Olivier Adam
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Luc Jung, Olivier Adam, Vincent Ridoux, Frédérique Viard, Valérie Stiger-Pouvreau, Sami Hassani
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Vincent Ridoux, Frédérique Viard

Mots clés

Mots clés contrôlés

Écologie marine

Marsouins

Atlantique, Côte de l'Atlantique

Phoque gris

Mots clés libres

Biodiversité génétique

Variations environnementales

Suivi systématique

Marqueurs mitochondriaux

Microsatellites

Phocoena phocoena

Halichoerus grypus

Genetic biodiversity

Environmental variations

Systematic monitoring

Mitochondrial markers

Microsatellites

Phocoena phocoena

Halichoerus grypus

Résumé

Les mammifères marins sont des espèces clés des écosystèmes. Ils subissent un nombre important de modifications de leur milieu qui nécessitent la mise en place de stratégie de conservation. Pour cela la connaissance de la structure des populations est primordiale. Une étude de génétique des populations a été menée sur deux espèces emblématiques de la mer d'Iroise. Pour le marsouin commun, espèce connaissant un retour le long des côtes françaises, nos travaux montrent, de manière inattendue, que ce retour est le résultat de deux déplacements différents et qu'il y a une hybridation entre les individus issus de la population de la péninsule Ibérique et ceux du Nord de l'Europe. Ces déplacements sont certainement liés à des modifications de la disponibilité des proies suite à des changements du milieu. Pour le phoque gris, nos résultats montrent une grande richesse génétique, avec une structure ancestrale pour la région de contrôle mitochondriale et une panmixie pour les loci microsatellites, indiquant la présence d'une population à l'échelle du plateau celtique. Une différenciation est observée entre les années d'échouages paires et impaires ainsi qu'une signature génétique potentielle d'individu issus d'une autre population. Enfin nous avons mené une étude pilote pour un observatoire de la biodiversité génétique des mammifères marins par la technique de code barres ADN. Cette étude montre que cet observatoire serait une manière innovante et pertinente pour suivre la biologie des mammifères marins. L'ensemble de nos résultats permettent de mieux comprendre les modifications de l'écosystème et sont un support à la mise en place de stratégie de conservation.

Marine mammals are key species of ecosystems. They undergo numerous environment modifications which require conservation plans. For that, the knowledge about population structure is primary. Studies of population genetic were led about two flagship species of the Iroise Sea. For the harbour porpoise, a specie who know a return along french coasts, our works unexpectedly show this return is the result of two movements and an hybridization between individuals of the Iberia population and those of North Europe population. These movements are, probably, linked to modifications of prey's availability caused by environment changes. For the grey seal, our works show a great genetic richness, with an ancestral structure for the mitochondrial control region and a panmixia for the microsatellites loci, which are signs of a population at the scale of Celtic Shelf. A differentiation was observed between the stranding years even and odd and a possible genetic signal of individuals from another population. Finally we led a pilot study for marine mammal genetic biodiversity observatory with the DNA barcoding technique. This study shows this observatory may be a relevant and innovative means to follow the marine mammal biology. All our results bring new information about ecosystem variations and are a help for the establishment of conservation strategy.