Le mycobiome digestif humain : étude exploratoire

• Auteur / Autrice : Nina Gouba
• Direction : Michel Drancourt
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 09/12/2013
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille ; 2008-2018)
• Jury : Président / Présidente : Jean-Louis Mège
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Michel Drancourt, Jean-Louis Mège, Bertrand Picard, Antoine Andremont
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Bertrand Picard, Antoine Andremont

Mots clés

Mots clés contrôlés

Anorexie

Réaction de polymérisation en chaîne

Obésité

Métagénome

classification

Champignons

microbiologie

Fèces

Techniques de culture

Mots clés libres

Selle, obèse, anorexique, 18SrRNA, ITS rRNA, clone séquençage PCR, culture

Stools, obese, anorexic, 18S rRNA, ITSr RNA, clone sequencing, PCR, Culture

Résumé

Le mycobiome digestif comprend l’ensemble des espèces de champignons contenu dans le tube digestif. Au cours de cette thèse, nous avons réalisé dans un premier temps une revue de la littérature sur le mycobiome digestif afin d’établir le répertoire des espèces de champignons décrites dans le tube digestif et leur implication dans les infections digestives et systémiques. Puis dans un second temps, notre travail expérimental a combiné l’approche culture et l’approche moléculaire basée sur le séquençage des clones pour explorer la diversité du mycobiome digestif. Nous avons répertorié une variété d’amorces PCR dans la littérature ciblant le gène 18S rRNA et ITS rRNA. En appliquant ces outils moléculaires et la culture à l’analyse d’une selle chez un sujet obèse nous avons détecté 16 espèces de champignons dont 11 espèces sont associées à l’alimentation avec 8 espèces de champignons observées pour la première fois dans les selles.Ensuite, la même approche appliquée à une selle collectée chez un sujet anorexique a permis de détecter 8 espèces de champignons dont 5 espèces associées au régime alimentaire du sujet et 3 espèces retrouvées pour la première fois dans les selles humaines.Dans un dernier temps en utilisant la même méthodologie, nous nous sommes intéressés à la diversité du mycobiome en fonction de l’origine géographique des sujets. Pour cela, nous avons exploré la communauté du mycobiome dans les selles provenant des quatre continents Afrique, Asie, Amérique et l’Europe. Dans ce travail, nous avons détecté 40 espèces de champignons provenant de l’environnement dont certains pathogènes opportunistes.

The human gut mycobiome, comprising of all fungal species detected in the gut. The Human Microbiome Project and the Metagenomics of the Human intestinal tract projects has led to new interest in the study of the human gut mycobiome. Recently, culture-independent approaches including PCR-based molecular clone libraries sequencing and high-throughput sequencing allowed to explore the diversity of gut mycobiota. In this thesis, firstly, we reviewed fungal species described in the human gut and their implication in systemic infections. We reported from literature fungal species described in healthy individuals compared to repertoire described in diseased individuals.Secondly, in our experimental work we used molecular and culture approaches to explore gut mycobiota diversity related to host physiology. We selected various set of PCR primers from literature targeting 18S rRNA gene and ITS rRNA gene. Combining molecular and culture tools in stool specimen from an obese individual we detected 16 fungal species, 11 were linked to food and 8 species were found for first in the human stools. Using the same approaches in an anorexic individual stool we identified 8 fungal species, five were associated to subjected diet collected and three fungal species were observed for the first time in the human stools. From these two studies, we observed that the gut mycobiome diversity is part associated to diet.Using the same methodology, we to explored gut mycobiota diversity according to different geographical locations. For this, fungal diversity was screened in stools samples from four continents Africa, America, Asia and Europe.