Détection et culture des archaea associées aux muqueuses intestinale et orale humaines

• Auteur / Autrice : Saber Khelaifia
• Direction : Michel Drancourt
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 07/06/2013
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Jean-Louis Mège
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Michel Drancourt, Jean-Louis Mège, Bruno Franzetti, Max Maurin
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Bruno Franzetti, Max Maurin

Mots clés

Mots clés contrôlés

ARN ribosomique 16s

Parodontite

microbiologie

Plaque dentaire

composition chimique

Milieux de culture

Relation structure-activité

Tests de sensibilité microbienne

analyse

ADN archéen

isolement et purification

ultrastructure

Methanobacteriaceae

Mots clés libres

Archaea méthanogènes, Methanobrevibacter smithii, Methanosphaera stadtmanae, Methanomassilicoccus luminyensis, Methanobrevibacter oralis, Methanobrevibacter arboriphilicus, Methanobrevibacter millerae, microbiote humain, culture anaérobie, parodo

Methanogenic archaea, Methanobrevibacter smithii, Methanosphaera stadtmanae, Methanomassilicoccus luminyensis, Methanobrevibacter oralis, human microbiota, anaerobic culture, DNA extraction, periodontitis, anti-archaea, sensitivity tests, in vitro

Résumé

Les archaea constituent l'un des quatre domaines connus du vivant. Contrairement à ce que leur nom laisse supposer, elles ont colonisé tous les écosystèmes et les microbiotes de certains hôtes dont l'Homme. Chez l'homme, certaines espèces d'archaea méthanogènes ont été associées aux muqueuses orale, intestinale et vaginale. Ces archaea méthanogènes sont des procaryotes anaérobies stricts et leurs conditions de culture restent fastidieuses et très mal connues. Quatre archaea methanogènes seulement ont été isolées à partir de prélèvements humains y compris dans le microbiote digestif Methanobrevibacter smithii détectée dans 95,7% des individus, Methanosphaera stadtmanae retrouvée chez environ un tiers des individus et plus récemment dans notre laboratoire Methanomassilicoccus luminyensis détectée en moyenne chez 4% des individus avec une prévalence liée à l'âge ; et dans le microbiote orale Methanobrevibacter oralis isolée à partir de la plaque dentaire.

Archaea is one of four known domains of life. Unlike what their name suggests, they some species of methanogenic archaea have been associated with oral, vaginal and intestinal mucosa. These methanogenic archaea are obligate anaerobic prokaryotes and their culture conditions are fastidious and very poorly known. Only four methanogenic archaea have been isolated from human samples including the digestive microbiota; Methanobrevibacter smithii detected in 95.7% of individuals Methanosphaera stadtmanae found in approximately one third of individuals and more recently in our laboratory Methanomassilicoccus luminyensis detected on average in 4% of individuals with a prevalence of age-related, and in the oral microbiota Methanobrevibacter oralis isolated from dental plaque.