Détection des mutations simultanées dans les séquences protéiques non-divergentes

Detection of co-evolving fragments within non-divergent sequences

• Auteur / Autrice : Linda Dib
• Direction : Alessandra Carbone
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance en 2012
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés contrôlés

Classification automatique (statistique)

Biomathématiques

Modèles mathématiques

Coévolution

Bioinformatique

Résumé

L'utilisation de séquences protéiques alignées semble essentielle à la détection de résidus fonctionnellement et structurellement importants. Depuis près de 40 ans de nombreuses études évaluent la conservation des positions protéiques et identifient les positions fonctionnellement importantes (site d'interaction entre molécules). Cependant, les positions conservées ne sont les seuls résidus clefs. Depuis près de dix ans, des approches statistiques analysent la co-évolution entre les résidus. Nous avons élaboré une méthode combinatoire nommée BIS (pour Block In Sequence) pour détecter des fragments co-évoluants. Cette méthode est basée sur l' alignement des séquences et la topologie de l'arbre associé aux séquences. La méthode n'a pas besoin de données structurelles, ni de la connaissance de résidus fonctionnels. Elle permet d'analyser de très petites familles de protéines et des familles de protéine très conservées. Ces domaines d'application distinguent notre méthodologie des autres approches existantes. La méthodologie a été appliquée sur de petites protéines ayant au plus 400 séquences homologues telles que le domaine B de la protéine A (Fersht et al. , 2006), MukB (Innis, 2007), le peptide beta de l'amyloïde et les sous-familles SF1 et SF2 de l'AATPase. Le domaine B de la protéine A est une protéine caractérisée par trois hélices beta. Les classes de positions co-évoluantes détectés pour cette protéine ont permit de détecter les résidus impliqués dans le repliement de la protéine et identifiés par Alan Fersht.