Etude du mécanisme de rétrotransposition de LINE-1 chez l'homme.

LINE-1 retrotransposition mechanism in human cells.

• Auteur / Autrice : Manel Hasnaoui Hnia
• Direction : Nicolas Gilbert
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie Santé
• Date : Soutenance le 29/05/2012
• Etablissement(s) : Montpellier 2
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé (Montpellier ; Ecole Doctorale ; ....-2014)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : UPR 1142 CNRS - Institut de Génétique Humaine - IGH
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Nicolas Gilbert, Jean-Marc Deragon, Stephen Baghdiguian
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Jean-Marc Deragon, Christophe Terzian

Mots clés

Mots clés contrôlés

Ribonucléoprotéines

Rétrotransposons

Génome humain

Mots clés libres

Element LINE-1

Retrotransposition

Complexe RNP

LINE-1 element

Retrotransposition

RNP complex

Tprt

Résumé

Le génome humain est constitué d'environ 45% d'éléments transposables, et l'élément LINE-1 (L1), qui représente 17% de la masse totale, est le seul élément actif connu de notre génome capable de rétrotransposer. Les protéines de L1, ORF1p et ORF2p, peuvent mobiliser divers ARN en trans, tel que Alu, le snRNA U6 ou encore d'autres ARNm cellulaires. C'est, en partie pour ces raisons que l'élément L1 est considéré comme un acteur majeur de la plasticité de notre génome.Dans un premier temps, nous avons élaboré un nouveau système, la lignée stable inductible Trex, qui permettra d'étudier la rétrotransposition de L1 à partir d'une localisation chromosomique. Cette lignée stable présente une intégration d'un élément L1 marqué avec T7 et Flag-HA pour ORF1p et ORF2p, respectivement. Ce système nous permettra dans un avenir proche de purifier les partenaires protéiques d'ORF2p selon le protocole de double purification sur colonne d'affinité Flag suivi de HA, et de les identifier par spectrométrie de masse (MS/MS). Dans un deuxième temps, nous nous sommes intéressés aux séquences chimères U6-L1 présentes au niveau du génome humain. Nous avons entamé ainsi une étude in silico, qui nous a conduit à la découverte d'une nouvelle unité répétée présente dans les génomes de primates, que l'on a appelé ‘'RSU6''.

The human génome is composed of about 45% of mobile elements. LINE-1 (L1, which represents 17% of the total mass, is the only active element, capable of retrotransposition in our génome. L1 proteins, ORF1p and ORF2p, can mobilise other RNA in trans, such Alu, snRNA U6 or other cellular mRNA. This is one of the reasons why L1 element is considered as the major actor of genome plasticity. First, we have developed a new system, the stable Trex cell line, which will allow us to study L1 retrotransposition from a chromosomal location. This stable cell line has integrated a marqued L1 (with ORF1-T7 and ORF2- Flag-HA) into the genome. This new system will enable us to purify cellular cofactors of ORF2p, according to the double affinity protocol (Flag and HA), and to identify them by mass spectrometry. Second, we were intersted in the chimeric sequences U6-L1 present in the human genome. We have done an in silico analyses which allowed us to identify a new repeated unit in the primate genome that we called ‘'RSU6''.