Thèse soutenue

Diversité microbienne des laits crus : états des lieux, réservoirs et expression en transformation fromagère : exemple de Camembert de Normandie

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Auteur / Autrice : Adrien Mallet
Direction : Nathalie Desmasures
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biotechnologie agroalimentaire
Date : Soutenance en 2012
Etablissement(s) : Caen

Résumé

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Ce travail avait trois objectifs :  de dresser un état des lieux de la diversité microbienne des laits crus, et d’étudier l’influence des pratiques de gestion du troupeau sur les profils microbiologiques des laits ;  d’identifier des réservoirs susceptibles d’intervenir dans la régulation de la diversité bactérienne des laits crus, et des pratiques de traite pouvant influer sur cette diversité ;  et enfin d’étudier les sources potentielles de la diversité de la flore bactérienne dominante du Camembert de Normandie AOP. En dépit de leur faible charge microbienne totale, preuve de leur bonne qualité hygiénique, les 260 laits crus analysés abritaient une importante diversité. Des variations inter-exploitations, aussi bien dans les proportions de groupes microbiens que par les valeurs extrêmes observées, ont été mises en évidence par la quantification de neuf groupes microbiens. Cent douze espèces bactériennes et 17 espèces de levures ont été détectées lors d’un inventaire moléculaire réalisé à partir de 1697 isolats, issus de 24 laits crus, avec une prédominance de bactéries à Gram positif en particulier des staphylocoques et bactéries corynéformes. L’application de la technique Single Strand Conformation Polymorphism sur l’ADN bactérien extrait de laits crus de deux traites, de l’ambiance des lieux de traite, de la surface des trayons de vaches et des machines à traire a mis en évidence la présence de groupes bactériens communs entre ces différents écosystèmes. La surface des trayons semble constituer le principal réservoir de la flore dominante des laits crus, mais une grande partie des bactéries dominantes des laits crus n’a pas été détectée comme faisant partie de la flore dominante des écosystèmes étudiés. Les variations d’équilibres microbiens peuvent certainement expliquer cette observation, notamment par l’expression dans les laits de flores secondaires (sous dominantes) des réservoirs. L’analyse statistique de facteurs pouvant expliquer la variabilité des flores des laits crus, en termes de charge et de composition bactérienne, a mis particulièrement en évidence l’influence des pratiques d’hygiène des trayons, et de nettoyage des machines à traire, sur les flores d’intérêt technologique. Les pratiques d’hygiène trop strictes semblent en effet réduire la diversité de flores telles que les lactocoques, lactobacilles et bactéries d’affinage. L’utilisation de la rep-PCR, technique d’analyse génétique, pour étudier la diversité de lactobacilles présumés et bactéries corynéformes présumées, dans des laits crus, des camemberts et l’environnement de trois fromageries, a mis en évidence la transmission de plusieurs isolats originaires du lait vers les camemberts. L’origine d’une partie de la flore bactérienne des camemberts n’a pu être reliée à la flore dominante des écosystèmes étudiés, témoignant probablement de l’expression dans les camemberts de flores sous dominantes de l’environnement, issues certainement pour partie des laits crus. L’implantation, dans les camemberts, de souches bactériennes issues de lait cru présage du rôle potentiel de la flore du lait cru dans le process et les qualités sensorielles des Camemberts de Normandie AOP.