Diversité phylogénétique et fonctionnelle des communautés microbiennes incultivées des sédiments marins de la marge de Sonora, Bassin de Guaymas (Golfe de Californie)

Phylogenic and functional diversity of uncultured microbial communities from the Sonora Margin cold seep sediments, Guaymas Basin (Gulf of California)

• Auteur / Autrice : Adrien Vigneron
• Direction : Anne Godfroy
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Ecologie microbienne
• Date : Soutenance le 12/12/2012
• Etablissement(s) : Brest
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la mer (Plouzané, Finistère)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de microbiologie des environnements extrêmes (Plouzané, Finistère)
• Jury : Président / Présidente : Georges Barbier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Anne Godfroy, Georges Barbier, Karen Lloyd, Pierre E. Galand, Laurent Toffin, Mohamed Jebbar, Christian Jeanthon, Timothy Vogel
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Karen Lloyd, Pierre E. Galand

Mots clés

Mots clés contrôlés

Sédiments marins

Californie, Golfe de (Mexique)

Mexique

Microbiologie marine

Mots clés libres

Marge de Sonora

Bassin de Guaymas

Diversité moléculaire

Communautés microbiennes

Archaea

Bacteria

Méthanogènes

ANME

SRB

Méthane

Sédiments

Fluides froids

Sonora Margin

Guaymas Basin

Molecular diversity

Microbial communities

Archaea

Bacteria

Methanogens

ANME

SRb

Methane

Sediments

Cold seeps

Résumé

Au niveau des marges continentales, et plus particulièrement dans des zones dites d'émissions de fluides froids, des communautés microbiennes et animales complexes se développent localement à la surface des sédiments. Ces communautés utilisent pour leur croissance des composés chimiques réduits (H2S, Méthane, CO2 ...), contenus dans un fluide à basse température, percolant à travers les sédiments et issus de phénomènes géologiques et de divers processus microbiens. Afin d'étudier la diversité des communautés microbiennes associées à ces écosystèmes ainsi que leur rôle dans l'environnement, et d'appréhender les paramètres environnementaux influençant la distribution et l'écophysiologie de ces communautés, des sédiments de surface (0-20 cm) mais également plus profonds (<9 mbsf) ont été prélevés au niveau de la Marge de Sonora. Les communautés microbiennes présentes ont été étudiées par diverses approches de biologie moléculaire, de mise en culture et de microscopie. Ce travail de recherche a permis : i) de déterminer la structure et la diversité des communautés microbiennes métaboliquement actives dans ces sédiments, ii) de mettre en évidence des écophysiologies différentes entre les acteurs du cycle du méthane (méthanogènes, ANMEs, SRB), prépondérant dans cet écosystème et iii) de découvrir la présence de nouvelles lignées et fonctions microbiennes dans les sédiments de zones d'émission de fluides froids des marges continentales.

At continental margins, and more particularly in cold seep areas, microbial and animal communities were locally detected at the surface of the sediments. These communities grow using reduced chemical compounds (H2S, Methane, COZ ...) contained in the percolated cold fluids and produced by both geological and microbial processes. ln order to study microbial community diversity in these ecosystems and their role in the environment as well as to understand the environmental factors influencing the distribution and ecophysiology of these communities, surface (0-20 cmbsf) but also deeper (<9 mbsf) sediments were collected at the Sonora Margin. Microbial communities have been studied using various molecular, cultural and microscopy approaches. This research allowed: i) to determine the structure and diversity of metabolically active microbial communities in sediments, ii) to highlight different ecophysiologies for methane cycling microorganisms (methanogens, ANME, SRB) and iii) to discover the presence of new microbial lineages and functions in the cold seeps sediments of the continental margins.