Génomique des Flavivirus : Contribution à l'analyse taxonomique et phylogénique

• Auteur / Autrice : Grégory Moureau
• Direction : Xavier de Lamballerie
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine
• Date : Soutenance le 17/01/2012
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Unité des virus émergents (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Jean-Louis Mège
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Xavier de Lamballerie, Jean-Louis Mège, Anthony Fooks, Maria Rosaria Capobianchi, Shelley Cook, Ernest Gould
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Anthony Fooks, Maria Rosaria Capobianchi

Mots clés

Mots clés contrôlés

Codage à barres de l'ADN pour la taxonomie

Phylogénie moléculaire

Virus -- Variabilité

Flavivirus

Mots clés libres

Virus

Flavivirus

Génomique

Taxonomie

Phylogénie

Virus

Flavivirus

Genomic

Taxonomy

Phylogeny

Résumé

Les virus à ARN - à l'exception des rétrovirus - représentent plus de 200 pathogènes humains et/ou vétérinaires majeurs. Ils sont pour la plupart considérés comme émergents, durant les dernières années ils ont été retrouvés au-delà de leur territoire d'origine, dans de nouvelles régions du monde. Les plus connus de ces virus sont le virus du West Nile, le virus chikungunya, la grippe, le coronavirus SRAS, l'entérovirus 71 (agent responsable de la fièvre aphteuse), les virus de la dengue, l'hépatite C virus, le virus de la fièvre hémorragique de Crimée Congo, le virus de la vallée du Rift, l'encéphalite japonaise et plusieurs entérovirus humains. En terme de mortalité et morbidité ils sont à l'origine de plus 100 millions de cas par an et la menace a tendance à augmenter. Ces statistiques sont démoralisantes quand on considère les immenses progrès de la médecine et de la science durant ces dernières dizaines d'années. Les recherches présentées dans ma thèse portent sur le genre Flavivirus, au sein duquel on retrouve le virus de la fièvre jaune, un pathogène humain responsable d'épidémies majeures en Afrique et en Amérique latine durant les 300 à 400 dernières années. Ce virus est toujours responsable d'épidémies majeures en Afrique malgré un vaccin très bien toléré et des plus efficaces. On assiste au même scénario avec le virus de l'encéphalite japonaise en Inde.

Without including the retroviruses, there are in excess of 200 RNA viruses that are recognised human and/or animal pathogens, many of which are considered to be emerging viruses because during recent years they have dispersed beyond their original territories causing epidemics in new regions of the World. The more well known of these emerging viruses include, West Nile virus, chikungunya virus, influenza virus, SARS coronavirus, EV71 virus (the aetiological agent of hand foot and mouth disease), dengue virus, hepatitis C virus, Crimean Congo haemorrhagic fever virus, Rift Valley fever virus, Japanese encephalitis virus and many human enteroviruses from a variety of genera. The combined global morbidity and mortality figures for these viruses add up to 100s of millions per year and the current trend appears to be upwards. This is a depressing statistic when one considers the amazing medical and scientific achievements that we have witnessed during the past decades. The studies described in my thesis were focused on the genus Flavivirus the type species of which is yellow fever virus, another terrifyingly virulent human pathogen that has caused so much suffering in Africa and Latin America during the past 300 to 400 years. This virus continues to cause major epidemics in Africa despite the availability of one of the safest and most effective vaccines with which to control infections due to yellow fever virus. Indeed similar comments can be made in the context of the flavivirus Japanese encephalitis virus in India.