Thèse soutenue

Developpement d'outils et méthodes bioinformatiques pour l'étude de l'expression des gènes et de leur régulation. : application aux pathologies

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Auteur / Autrice : Aurelie Bergon
Direction : Jean ImbertDenis Puthier
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie génomique et bioinformatique
Date : Soutenance le 06/02/2012
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
Jury : Président / Présidente : Franck Galland
Examinateurs / Examinatrices : Jean Imbert, Franck Galland, Frédéric Guyon, Gianluca Bontempi, Denis Puthier, Max Chaffanet, Salvatore Spicuglia
Rapporteurs / Rapporteuses : Frédéric Guyon, Gianluca Bontempi

Mots clés

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Résumé

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La compréhension des mécanismes qui contrôlent l'expression des gènes est un enjeu majeur pour la recherche médicale. Elle nécessite un ensemble d'approches pangénomiques telles que les puces à ADN et plus récemment le séquençage à très haut débit qui génèrent une masse toujours plus grande de données numériques à traiter. Au cours de ma thèse, j'ai développé plusieurs outils informatiques innovants pour faciliter leur exploitation. Ainsi, j'ai créé une librairie R (AgiND) qui vérifie la qualité des données de puces à ADN Agilent et permet de les normaliser. Le nombre croissant d'expériences stockées dans Gene Expression Omnibus a motivé la mise en place du projet TBrowser. Une méthode originale DBF-MCL a été créée pour extraire des signatures transcriptionnelles annotées par l'intégration de diverses sources d'information. Stockées dans une base de données, elles sont accessibles à travers une interface Java, un service web SOAP et une librairie R/Bioconductor (RTools4TB). Enfin, un pipeline d'analyse dédié au ChIP-seq a été implémenté. Tous ces outils ont servi pour l'étude de diverses maladies dans le cadre de collaborations.