Conception et optimisation d’un programme de sélection de petits ruminants en milieu tropical : cas du caprin Créole en Guadeloupe

Design and optimisation of breeding schemes for small ruminants in the tropics : a casestudy of the Creole goat breed in Guadeloupe

• Auteur / Autrice : Mélanie Jaquot - Gunia
• Direction : Nathalie Mandonnet
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Génétique Animale
• Date : Soutenance le 16/05/2012
• Etablissement(s) : Paris, AgroParisTech
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole doctorale Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé (Paris ; 2000-2015)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Génétique animale et biologie intégrative (Jouy-en-Josas,Yvelines ; 2009-....)
• Jury : Président / Présidente : Etienne Verrier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Nathalie Mandonnet, Abel Hiol, Florence Phocas
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Johann Detilleux, Bernard Faye

Mots clés

Mots clés contrôlés

Sélection artificielle

Lutte contre

Parasites

Élevage

Guadeloupe

Amélioration génétique

Chèvre domestique

Mots clés libres

Objectif de sélection

Programme de sélection

Chèvre

Tropiques

Parasitisme

Resistance

Breeding goal

Breeding programme

Goat

Tropics

Parasite

Resistance

Résumé

Ce travail de thèse a pour but de fournir les bases scientifiques et techniques nécessaires au développement d'un programme de sélection en milieu tropical appliqué à une race caprine locale de Guadeloupe. La chèvre Créole est une chèvre de petite taille, aux bonnes aptitudes maternelles, issue du métissage de chèvres d'Afrique et d'Europe de l'ouest. Cette chèvre rustique est bien adaptée au climat tropical et présente une certaine tolérance aux parasites internes. Les éleveurs guadeloupéens l'utilisent pour la production de viande. En 2008, un projet de programme de sélection pour la chèvre Créole a démarré, projet qui réunit la coopérative caprine Cabricoop, la chambre d'agriculture et l'INRA. Les différentes étapes nécessaires à la conception et à l'optimisation de ce programme sont présentées dans ce travail de thèse. En termes d'objectif de sélection, des enquêtes auprès des éleveurs de la Cabricoop ont montré l'importance que les éleveurs attribuent tant à la croissance de leurs animaux qu'aux qualités maternelles des femelles. Afin de quantifier cette importance sur des bases économiques explicites, la modélisation des différentes composantes de la marge brute d'un atelier caprin a permis de déterminer les pondérations économiques des différents caractères à inclure dans l'objectif de sélection de la race. L'objectif de sélection intègre des caractères de production (poids et rendement carcasse à 11 mois), de reproduction (fertilité) et de résistance (OPG = nombre d'oeufs de strongles par gramme de fèces) et résilience (hématocrite) au parasitisme. Quel que soit le scénario envisagé en termes de quantité ou coût des intrants, le poids et la fertilité sont les deux composantes pour lesquelles une amélioration d'un écart type génétique de caractère amène le bénéfice escompté le plus grand. Les pondérations standardisées et cumulées de ces deux caractères expliquent entre 70 et 90% du total des pondérations économiques standardisées des caractères inclus dans l'objectif. A l'exception du rendement carcasse, les paramètres phénotypiques et génétiques des différents caractères inclus dans l'objectif de sélection ont été estimés pour la chèvre Créole à partir des données recueillies à l'unité expérimentale de Gardel. L'héritabilité est modérée pour le poids (0,32), faible pour la fertilité (0,11) et intermédiaire pour l'hématocrite (0,13) et l'OPG (0,18). Les corrélations génétiques estimées entre les caractères sont soit très faibles ou plutôt favorables. Les simulations de réponses à la sélection pour un noyau de sélection de 300 mères Créoles ont montré qu'il était possible d'améliorer à la fois le poids, le rendement carcasse, la fertilité, l'hématocrite et l'OPG. Améliorer résistance et résilience au parasitisme ne diminue que très légèrement la réponse à la sélection espérée sur les caractères de production. Il est donc possible de concilier des objectifs de production, de reproduction et d'adaptation au milieu pour la chèvre Créole en Guadeloupe. Ce travail de thèse a donc fourni les bases pour le développement d'un programme de sélection durable, pour une race locale, en milieu tropical.

This thesis aims at providing the scientific and technical basis needed for the settingup of a breeding programme applied to an indigenous guadeloupean breed of goat in the tropics.The local Creole breed of goat in Guadeloupe is a small-sized breed with good maternal qualities. This hardy breed comes from the natural mixing of breeds from Africa and Europe. It is well adapted to tropical climates and tolerates internal parasites. Guadeloupean farmers use Creole breed for meat production. Since 2008, the breeder's association Cabricoop, extension services and INRA collaborate to implement a breeding programme for Creole goat. This thesis presents the different steps needed for the design and optimisation of this programme. Concerning the breeding objective, a survey of Cabricoop farmers has shown the importance given to growth and maternal qualities in goats. In order to quantify this importance on sound economic basis, we modelled the components of the goat farm profit and derive the economic values of the different traits included in the breeding objective. We derived the economic values for production (body weight and dressing percentage at 11 months of age) and reproduction traits (fertility) as well as parasites resistance and resilience traits (FEC= number of worm eggs in the faeces and PCV= packed cell volume). Whatever the quantity or cost of input, the increase of one genetic standard deviation of body weight or fertility traits generated the highest profit. The standardised economic values of these traits explained 70 to 90% of the sum of the standardised economic values of all traits in the breeding objective. Genetic parameters of all traits except dressing percentage were derived for Creole goat. Heritability was moderate for body weight (0.32), low for fertility (0.11) and intermediate for PCV (0.13) and OPG (0.18). Genetic correlations were either low or favourable. Simulations of selection responses for a closed nucleus herd of 300 Creole does show that it is possible to improve weight, dressing percentage, fertility, PCV, and FEC simultaneously. Improving resistance and resilience to parasites decreases slightly the expected selection response on production traits without much trade-off. It is therefore possible to conciliate production, reproduction, and adaptation objectives for Creole goat in Guadeloupe. This thesis has provided the basis for the implementation of a sustainable breeding programme for a local breed in a tropical environment.