Thèse soutenue

Détection des duplications en tandem au niveau nucléique à l'aide de la théorie des flots
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Auteur / Autrice : Eric Audemard
Direction : Thomas FarautThomas Schiex
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Informatique
Date : Soutenance en 2011
Etablissement(s) : Toulouse 3

Résumé

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Après un rappel des notions fondamentales de biologie moléculaire et plus particulièrement des duplications en tandem, la thèse présente un panorama des outils existants permettant de détecter des régions homologues à grande échelle, en se focalisant sur les méthodes de chaînage d'ancres. Le document introduit alors un formalisme général de modélisation basé sur les graphes. Une nouvelle méthode de chaînage, capable de produire un ensemble de chaînes de score optimal et satisfaisant des contraintes de cohérences assurant une interprétation aisée des résultats est formulée, en exploitant la théorie des flots de coût minimum. Cette méthode est évaluée sur des problèmes de détection de duplications segmentales chez les plantes puis intégrée dans un pipeline de détection de grande régions dupliquées en tandem directement à partir de la séquence génomique. Cet outil est évalué sur le génome de la plante modèle Arabidopsis thaliana et confronté à l'annotation du génome, montrant ses capacités à détecter des régions dupliquées impliquant des éléments non-codants.