Thèse soutenue

Etude structurale et biophysique du complexe forme entre la cytidine deaminase humaine apobec3g et le facteur d'infectivité virale du VIH-1

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Auteur / Autrice : Séverine Freisz
Direction : Éric Ennifar
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie structurale
Date : Soutenance en 2011
Etablissement(s) : Strasbourg

Résumé

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Le génome des lentivirus, dont celui du VIH-1, code pour des protéines auxiliaires dont la protéine Vif (Viral infectivity factor) qui interagit avec l’ARN génomique lors de l’assemblage du virus. Vif est nécessaire à la réplication du virus dans les cellules non permissives. Cette restriction est due à la présence dans ces cellules d’un facteur contre carré par la présence de Vif. Ce facteur appartient à une famille d’enzymes qui déaminent des cytosines en uraciles dans l’ADN et/ou l’ARN, APOBEC. Sans Vif, APOBEC-3G et APOBEC-3F sont encapsidés dans la particule virale et altèrent la séquence du génome du VIH-1. Vif induit la dégradation d’APOBEC-3G/3F par le protéasome, empêchant son encapsidation dans les particules virales. Il n’existe aucune information structurale sur la protéine Vif et seule la structure du site de déamination en C-terminal d’APOBEC-3G est connue. Pour comprendre les interactions entre A3/Vif, nous avons tenté de déterminer la structure cristallographique de ce complexe. Nos tentatives de surproduction et de purification des protéines Vif et APOBEC seules sont restées vaines. Notre hypothèse de travail repose principalement sur la spécificité de reconnaissance entre Vif et A3G, nous avons choisi une stratégie de co-expression. La co-expression A3/Vif avec nos constructions n’aillant pas été concluante, nous nous sommes tournés vers la stratégie co-ESPRIT qui permet de tester l’expression et la solubilité de 30000 constructions et d’identifier un domaine soluble de l’une des protéines. Nos études montrent que Vif est capable d’interagir avec le même domaine de TAR que la protéine Tat. Tat est la cible d’inhibiteurs empêchant son interaction avec TAR, nous avons testé l’inhibition de l’interaction entre Vif et TAR par ces composés. Les informations apportées par une structure 3D du complexe serviraient de base pour l’élaboration de molécules capables de contrer la dégradation d’APOBEC.