Thèse soutenue

Dynamique des communautés microbiennes en réponse à une contamination pétrolière dans des sédiments bioturbés

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Auteur / Autrice : Magalie Stauffert
Direction : Robert Duran
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Physiologie et biologie des organismes-populations-interactions
Date : Soutenance le 14/12/2011
Etablissement(s) : Pau
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale sciences exactes et leurs applications (Pau, Pyrénées Atlantiques ; 1995-)

Résumé

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Dans les environnements côtiers, soumis à l’impact des marées noires, les microorganismes jouent un rôle crucial dans le devenir des hydrocarbures pétroliers. Toutefois, de nombreux facteurs influencent les activités microbiennes, notamment par les organismes bioturbateurs qui modifient la pénétration de l’oxygène dans les sédiments. Le travail de la thèse vise à mieux comprendre l’impact d’une pollution pétrolière sur les communautés microbiennes dans des sédiments bio turbés. Il s’agissait de comparer les remaniements structuraux de la communauté microbienne liée à la contamination pétrolière dans des sédiments présentant une faible et une forte activité de bioturbation. Des sédiments marins ont été maintenus en microcosmes durant 9 mois et soumis à quatre conditions : (i) pas de traitement (contrôle), (ii) pétrole, (iii) bioturbation et (iv) pétrole et bioturbation. Les efficacités de dégradation des hydrocarbures pétroliers se sont révélées similaires dans les deux types de sédiments. Par des approches moléculaires, la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés microbiennes totales et métaboliquement actives a été évaluée au cours du temps. Les communautés microbiennes ont subi d’importants remaniements structuraux spécifiques à chaque traitement. Nous suggérons que le fonctionnement global de la communauté est modifié par l’activité bioturbatrice sans pour autant modifier l’activité de dégradation. Ces travaux ont mis en évidence une redondance fonctionnelle de l’activité de biodégradation des hydrocarbures pétroliers des communautés microbiennes. L’isolement de communautés hydrocarbonoclastes a permis de confirmer cette redondance fonctionnelle.