Thèse soutenue

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Auteur / Autrice : Guillaume Fallot
Direction : Cyrille FérayDidier Samuel
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie et pathologie des épithéliums
Date : Soutenance en 2011
Etablissement(s) : Paris 7

Résumé

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L'infection chronique par le virus de l'Hépatite B (VHB) est un problème majeur de santé publique mondiale, avec plus de 350 millions de patients chroniquement infectés qui ont un risque accru de décompensation hépatique, de cirrhose et de carcinome hépatocellulaire. La pathogénèse du VHB est complexe et il semble que les variants moléculaires jouent un rôle dans ce processus. La variabilité de l'ADN VHB pendant le suivi des patients n'a presque pas été étudiée. La recombinaison entre différents génotypes VHB a été décrite dans de nombreuses études transversales, mais la fréquence des recombinaisons inter- et intragénotypiques se produisant chez un patients n'est pas connue. Nous avons étudié 32 patients positifs pour le VIH et 11 patients négatifs, pour lesquels persistait une virémie VHB malgré un traitement antiviral d'au moins un an. Le génotypage a été réalisé par hybridation en milieu liquide (INNO-LiPA) et par PCR spécifique du génotype. La variabilité de l'ADN VHB dans le temps a été examinée par l'étude du polymorphisme conformationnel des simples brins et des longueurs des fragments de restriction (RFLP-SSCP). Les séquences d'ADN VHB obtenues par le clonage d'un fragment PCR de 2800 pb ont été analysées pour les paramètres phylogénétiques (diversité et pression de sélection), et la recombinaison a été détectée par la suite de logiciels RDP. De larges fragments d'ADN VHB ont pu être amplifiés à deux temps différents chez 33 patients. Des modifications marquées de la quasiespèce survenaient chez 14 patients. Un fragment de 2800 pb a été cloné et séquencé à au moins deux temps différents chez 7 de ces patients, et chez un patient ne présentant pas de changement détectable par RFLP¬SSCP. Chez 4 (57%) des patients du groupe de 7, nous avons détecté des recombinaisons inter-ou intragénotypiques variées entre des variants de la quasiespèce initiale. Les fragments recombinants hébergeaient pour la plupart des déterminants de la résistance antivirale et reflétaient une augmentation massive de la diversité et de la pression de sélection positive de la quasiespèce totale VHB. Chez les patients co-infectés, les évènements de recombinaison de l'ADN VHB sont fréquents pendant la thérapie antivirale. Ils correspondent à une augmentation de la pression de sélection positive et à la conservation des mutations de résistance aux antiviraux. Dans cette population et à l'échelle individuelle, la recombinaison est une source significative de variabilité génétique du VHB.