Développement d'un système de phénotypage à partir de lignées cellulaires lymphoblastoïdes issues de patients asthmatiques : variation phénotypique pathologique et temporelle

Development of a phenotyping system from asthmatic patients lymphoblastoid cell lines : pathology and time-based phenotypic variation

• Auteur / Autrice : Nathanaël Lemonnier
• Direction : Ivo Glynne Gut
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Interdisciplinaire pour le vivant
• Date : Soutenance en 2011
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés contrôlés

Protéomique

Transcriptome

Cellules -- Croissance

Asthme

Phénotype

Résumé

Un système de phénotypage innovateur a été développé, réunissant les profils phénotypiques transcriptomiques et protéomiques obtenus à partir d’une cohorte de lignées cellulaires lymphoblastoïdes exprimant la pathologie asthmatique (collection EGEA). Les technologies à haut-débit de type puce à ADN et spectrométrie de masse ont été optimisées pour l’analyse du transcriptome et du protéome, respectivement. Ce système a été standardisé à toutes les étapes : des conditions de culture cellulaire à l’acquisition des profils phénotypiques, en passant par l’obtention du matériel génétique et protéique et de leur contrôle quantitatif et qualitatif. Il contribue à la détection de biomarqueurs de la pathologie asthmatique. En parallèle, la variation phénotypique observée au cours de la croissance des cellules a été analysée par ce système standardisé. Des protéines candidates ont été déterminées pour identification. De même, deux sous-groupes de 1193 gènes sur-exprimés et 1162 gènes sous-exprimés au cours de la croissance des cellules ont été définis. Ces travaux intègrent d’un point de vue global les variations des phénotypes moléculaires observés dans le cadre de la pathologie asthmatique et lors de la croissance cellulaire