Les pestivirus à l'interface faune sauvage-faune domestique : pathogénie chez l'isard gestant et épidémiologie dans la région Provence-Alpes-Côte d'Azur

Pestiviruses at the wild and domestic animal interface : pathogeny for pregnant Pyrenean chamois and epidemiology in the Provence-Alpes-Côte d'Azur region (France)

• Auteur / Autrice : Claire Martin
• Direction : Richard Thiery, Claude Saegerman
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Interactions moléculaires
• Date : Soutenance en 2011
• Etablissement(s) : Nice en cotutelle avec Université de Liège
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Nice ; 1992-....)
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université de Nice-Sophia Antipolis. Faculté des sciences - Université de Liège

Mots clés

Mots clés contrôlés

Ruminants

Gestation

Chamois

Épidémiologie

Provence-Alpes-Côte d'Azur (France)

Infections à Pestivirus

Résumé

Dans les Alpes du Sud de la France, des diminutions de populations de chamois (Rupicapra rupicapra) ont été rapportées. Or, depuis une dizaine d’année, des pestivirus ont causé de fortes mortalités dans des populations d’isards des Pyrénées (Rupicapra pyrenaica). Bien que les signes cliniques associés à cette infection aient été caractérisés chez cette espèce, la pathogénie chez les animaux gestants est peu étudiée. De plus, des transmissions inter-espèces ont régulièrement été incriminées dans l’épidémiologie des pestiviroses ; ceci particulièrement au niveau des alpages où des contacts fréquents sont décrits entre ruminants sauvages et domestiques. Les objectifs de ce travail de thèse ont donc été, dans un premier temps, d’étudier la pathogénie de l’infection à pestivirus chez des isards et plus particulièrement ses effets sur la gestation. Dans un second temps, nous avons étudié l’épidémiologie de l’infection dans différentes zones de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur (PACA), tout d’abord chez des ruminants sauvages, puis à l’interface entre les ruminants sauvages et domestiques partageant les mêmes alpages. Trois femelles isards ont été inoculées, durant le deuxième tiers de leur gestation, avec une souche de BDV-4, préalablement isolée d’un isard sauvage dans les Pyrénées espagnoles. Un groupe témoin était constitué d’une quatrième femelle isard gestante, associée à une agnelle. Une virémie longue, de quatre jours post infection jusqu’à la mort des animaux, était associée à des profils de séroconversion variables et à des lymphopénies importantes. Bien qu’aucune gestation n’ait été menée à terme, la détection des ARN viraux dans tous les organes testés des fœtus de femelles inoculées suggéraient la naissance possible d’animaux infectés persistants immunotolérants (IPI) chez cette espèce. Par ailleurs, dans la région PACA, une première étude séro-épidémiologique, longitudinale, a été réalisée dans le département des Hautes-Alpes sur les campagnes de chasse de 2003 à 2007. Des anticorps dirigés contre les pestivirus étaient présents chez 45,9% (Intervalle de confiance à 95% [IC95%] : 40,5-51,3) des chamois et 61,1% (IC 95% : 38,6-83,6%) des mouflons (Ovis aries musimon). Une deuxième étude épidémiologique transversale, conduite à la fois chez les ruminants sauvages et domestiques lors des saisons de chasse 2009 et 2010, a montré des séroprévalences élevées, atteignant 38,8% (IC95% : 74,3 – 78,8 %) chez les chamois et 25,9% (IC95% : 9,4 – 42,4 %) chez les chevreuils (Capreolus capreolus). Tous les cheptels ovins testés (n=37) présentaient une séroprévalence positive, atteignant 76,6 % (IC95%: 74,3 – 78,8 %) pour l’ensemble des 1383 sérums analysés. Dans le département des Alpes-Maritimes, deux souches ovines de pestivirus ont été isolées et classées respectivement dans le génogroupe BDV-3 (Border Disease Virus type 3) et dans le génogroupe BDV-Tunisien. Dans le département des Alpes de Haute-Provence, deux souches ont été isolées, d’une brebis avortée et, pour la première fois, d’un chamois (souche « Rupi-05 »). Les deux souches ont été classées parmi les virus du génogroupe BDV-6. Des séroneutralisations croisées ont montré que les chamois avaient des titres en anticorps supérieurs contre la souche « Rupi-05 », alors que les moutons réagissent de façon homogène envers les différentes souches ovines locales. De plus, les ovins ont des titres en anticorps neutralisants en moyenne plus élevés que les chamois pouvant laisser suspecter une circulation plus importante chez les moutons. Des anticorps neutralisant ont été détectés chez un seul chevreuil et étaient dirigés vers une souche de BVDV-1 (Bovine Viral Diarrhea Virus type 1). En conclusion, une circulation active de pestivirus est présente dans la région PACA, chez les animaux sauvages comme domestiques. Dans les Alpes de Haute-Provence, les souches isolées des différentes espèces sont classées parmi le même génogroupe, montrant une continuité géographique dans la répartition des souches. Les résultats obtenus lors de l’infection expérimentale montrent des effets sur la gestation importants, avec une possible présence d’animaux IPI chez les chamois comme chez les ovins. Bien que nos résultats ne permettent pas d’établir de façon précise un sens de transmission entre les espèces de ruminants domestiques et sauvages, deux cycles épidémiologiques semblent être présents, caractérisés par une forte circulation intra-spécifique et connectés à des transmissions ponctuelles entre chamois et moutons.

In the French South Alps, diminutions of effectives of chamois were recently reported. Besides, pestivirus were shown to cause high mortalities in Pyrenean chamois. While clinical signs associated were characterized in wild populations, the pathogeny in pregnant female has not been studied yet. Moreover, interspecies transmissions were recently incriminated in the epidemiology of pestivirus infections, especially in alpine pastures, known for their height rate contact between wild and domestic ruminants. The objectives of this doctorate were, in a first time, to study the pathogeny on pregnancy associated to the pestivirus infection in Pyrenen chamius. Then, this survey was aimed to study the infection epidemiology in various area of the Provence-Alpes-Côte d’Azur (PACA) region, firstly in wild ruminants and at the interface between wild and domestic ruminants sharing the same pastures. Results of this work shown that an active circulation of pestivirus is present in the PACA region, in both wild and domestic ruminants. In the Alpes de Haute-Provence district, isolated pestiviral strains from chamois ans sheep clustered in the same genogroup, showing a geographical continuity in the strains repartition. Results obtained from the experimental infection showed important effects on the pregnancy, with a possible birth of PI animal in chamois and sheep. Our results showed that two epidemiological cycles are present in chamois and sheep, respectively, characterized by an important circulation intra-species and connected by punctual transmission between animal species.