Modélisation multiéchelle de perturbation de la phyllotaxie d'Arabidopsis thaliana

Multiscale modelling of Arabidopsis thaliana phyllotaxis perturbation

• Auteur / Autrice : Yassin Refahi
• Direction : Christophe Godin
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance le 15/11/2011
• Etablissement(s) : Montpellier 2
• Ecole(s) doctorale(s) : Information, Structures, Systèmes (Montpellier ; École Doctorale ; 2009-2014)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : AGAP - Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Christophe Godin, Jan Traas, Eric Rivals, Etienne Farcot
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Jean-luc Gouzé, Macha Nikolski

Mots clés

Mots clés contrôlés

Arabidopsis thaliana

Gènes

Phyllotaxie

Mots clés libres

Arabidopsis thaliana

Phyllotaxie

Réseaux de gènes

Arabidopsis thaliana

Phyllotaxis

Gene networks

Résumé

Dans cette thèse nous nous intéressons à la manière dont la structure des plantes émerge du fonctionnement de leur méristème apical. Pour cela, nous étudions la structure du méristème apical d'Arabidopsis thaliana à différentes échelles. La thèse commence par étudier les plantes à l'échelle macroscopique dont la phyllotaxie a été perturbée et par le développement d'outils mathématiques pour quantifier et analyser ces perturbations. Ensuite, nous étudions à une échelle plus microscopiques quelles peuvent être les raisons de telles perturbations. Pour cela, nous avons testé une version étendue d'un modèle proposé par Douady et Couder (1996) dans lequel plusieurs paramètres clés sont modifiés par différentes sources de bruit. Cette étude de modélisation suggère que la stabilité de la taille de la zone de la zone centrale peut être un facteur clé dans la robustesse phyllotaxie. Alors que des modèles 3D réalistes des champs d'inhibition autour des primordia ont été développés récemment, une telle étude est toujours manquante pour les tissus réalistes en 3D dans le cas de la zone centrale. Cela nous conduit finalement à analyser en profondeur le réseau de régulation génétique qui contrôle la taille de la zone centrale dans le méristème. Nous avons implémenté une version 3D d'un modèle de la littérature de la zone centrale et testé ce modèle sur des méristèmes 3D obtenues à partir des images 3D de la microscopie laser.

In this dissertation we are interested in how shoot structure emerges from the functioning of their apical meristem. For this, we investigate the structure of Arabidopsis thaliana shoot apical meristem at different scales. The thesis starts by studying at macroscopic scale plants in which the regularity of phyllotaxis has been perturbed and developing mathematical tools to quantify and analyze such complex patterns. Then we try to investigate at more microscopic scales what can be the reasons for such perturbations. For this we tested an extended version of Douady and Couder's model (1996) in which several key parameters are varied by adding different sources of noise. This modeling study enables us to hypothesize that the stability in size of both the primordia inhibition zone and the central zone may be key factors in phyllotaxis robustness. While realistic 3D models of primordia inhibitory fields have been developed recently, such a study is still missing for realistic 3D tissues in the case of the central zone. This lead us finally to analyze in depth the gene regulatory network that controls the size of the central zone in the meristem. We implemented a 3D version of a model in literature modulating the size of the central zone and tested this model on 3D meristem cellular structures obtained from 3D laser microscope images.