Thèse soutenue

Caractérisation fonctionnelle des complexes contenant GCN5

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Auteur / Autrice : Arnaud Krebs
Direction : Laszlo Tora
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Date : Soutenance en 2010
Etablissement(s) : Strasbourg

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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De nombreuses études ont récemment fait émerger le rôle majeur de la régulation des programmes transcriptionnels par des mécanismes épigénétique. Parmi les complexes qui entrainent des modifications post-traductionnelles des extrémités N-terminales des histones, les complexes ayant une activité histone acétyl-transférase (HAT) sont des acteurs majeurs des voies d’activation de la transcription. GCN5 fut la première protéine contenant une activité HAT à être identifiée. Des études détaillées ont permis d’établir la composition de ces deux complexes. De plus, Il a été montré que ces deux complexes contenant GCN5 (CCG) sont capables d’activer la transcription in vitro. Cependant, le rôle in vivo de ces complexes ainsi que son intégration dans les réseaux de régulation transcriptionelle est mal compris. Des anticorps de qualité ont été obtenus pour les différentes sous unités des complexes qui ont permis leur utilisation dans deux approches différentes : (i) Identification de facteurs interagissant avec les CCG. Les CCG (ATAC ou SAGA) ainsi que leurs interactants potentiels ont été purifiés. Nous avons notamment montré que ATAC interagissait dans des contextes cellulaires spécifiques avec un autre co-activateur, transcriptionnel nommé Mediateur. Puis nous avons pu montrer que ce complexe formé des deux entités ATAC-Mediateur avait un rôle important dans la régulation de la transcription certains ARN non codants. (ii) Identification des sites de fixation des CCG a l’échelle du génome. Nous avons utilisé la technique de chromatin immuno-précipitation (ChIP) couplé au séquençage direct à haut débit des fragments purifiés (ChIP-seq) pour identifier le catalogue exhaustif des sites de fixation des CCG. Grace a la comparaison des sites de fixation de ATAC avec la structure de la chromatine, nous avons pu montrer que ATAC avait un double rôle, en participant à l’activation de promoteurs proximaux mais aussi d’éléments de régulation distants (enhancers) des gènes.