Thèse soutenue

Développement d’un système expert basé sur les connaissances en bioinformatique : Application à l’alignement multiple de séquences protéiques

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Auteur / Autrice : Mohamed Radhouane Aniba
Direction : Julie ThompsonAron Marchler-Bauer
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Bioinformatique
Date : Soutenance en 2010
Etablissement(s) : Strasbourg

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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L'objectif de ce projet de thèse a été le développement d'un système expert afin de tester, évaluer et d'optimiser toutes les étapes de la construction et l'analyse d'un alignement multiple de séquences. Le nouveau système a été validé en utilisant des alignements de référence et apporte une nouvelle vision pour le développement de logiciels en bioinformatique: les systèmes experts basés sur la connaissance. L'architecture utilisée pour construire le système expert est très modulaire et flexible, permettant à AlexSys d'évoluer en même temps que de nouveaux algorithmes seront mis à disposition. Ultérieurement, AlexSys sera utilisé pour optimiser davantage chaque étape du processus d'alignement, par exemple en optimisant les paramètres des différents programmes d 'alignement. Le moteur d'inférence pourrait également être étendu à identification des combinaisons d'algorithmes qui pourraient fournir des informations complémentaires sur les séquences. Par exemple, les régions bien alignées par différents algorithmes pourraient être identifiées et regroupées en un alignement consensus unique. Des informations structurales et fonctionnelles supplémentaires peuvent également être utilisées pour améliorer la précision de l'alignement final. Enfin, un aspect crucial de tout outil bioinformatique consiste en son accessibilité et la convivialité d' utilisation. Par conséquent, nous sommes en train de développer un serveur web, et un service web, nous allons également concevoir un nouveau module de visualisation qui fournira une interface intuitive et conviviale pour toutes les informa ions récupérées et construites par AlexSys.