Study of the quantative trait loci (QTLs) for the somatic embryogenesis ability, some agronomic and bean biochemical characters in Coffea canephora Pierre

• Auteur / Autrice : Priyono
• Direction : Dominique Crouzillat
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie
• Date : Soutenance en 2010
• Etablissement(s) : Rennes 1
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Vie-Agro-Santé (Rennes)
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université européenne de Bretagne (2007-2016)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Sondes moléculaires

Embryogenèse somatique

Rendements

Coffea canephora

Résumé

La sélection de clones de Coffea canephora productifs, multipliable par voie végétative est une priorité pour l’industrie du café. L’étude du déterminisme génétique de l’embryogénèse somatique, du bouturage et des caractéristiques agronomiques et de qualité à constitué l’objectif principal de ce travail. Nous avons pu montrer que l’embryogénèse somatique directe et indirecte suivent des voies différentes. L’aptitude à l’embryogénèse somatique varie entre les groupes génétiques de C. Canephora. Ces résultats ont montré que la capacité d’embryogénèse somatique dépend du génotype. Plusieurs cartes génétiques ont permis l’identification de QTLs pour l’embryogénèse somatique, le bouturage et des caractéristiques agronomiques. 43 et 56 QTLs impliqués dans des caractéristiques agronomiques et de qualité du grain ont pu être identifiés. . Les marqueurs ADN flanquant les QTLs peuvent être exploités pour cumuler ces caractères dans des clones améliorés par Sélection Assistée par Marqueurs.

Selection of high yielding and good quality Coffea canephora easily multiplied by vegetative propagation became a priority for the coffee industry. This research has been undertaken with the main objective of identifying genetic determinism of somatic embryogenesis (SE), cutting, and a few other traits of interest. We have shown that direct and indirect SE are expressed through different and independent pathways. A diversity of SE ability was observed among two C. Canephora genetic groups. These results have also shown that within the scope of a given protocol, SE ability is depending on genotype. Several genetic maps have been constructed permitting the identification of QTLs for SE and cutting abilities, agronomic and biochemical traits. 43 QTLs for agronomic traits and 56 for bean quality were identified. The DNA markers flanking the QTLs discovered in this work for interesting traits could be used for stacking them in new improved clones through Marker Assisted Selection.