Thèse soutenue

Molecular determinants of the activation of the replication of hepatitis C virus, by correlating structural and biochemical information on its polymerase, the NS5B protein
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Auteur / Autrice : Déborah Harrus
Direction : Stéphane Bressanelli
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Ingéniérie des protéines
Date : Soutenance en 2010
Etablissement(s) : Paris 11
Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université de Paris-Sud. Faculté de pharmacie (Châtenay-Malabry, Hauts-de-Seine)

Mots clés

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Résumé

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Le virus de l'hépatite C (VHC) est un virus variable classifié en génotypes, qui diffèrent par leur distribution géographique, la sévérité des dommages causés au foie, et leur réponse aux traitements. L'ARN polymérase dépendante de l'ARN NS5B est une cible de choix pour les inhibiteurs du VHC. Les structures cristallographiques décrivent son organisation en 3 domaines appelés "doigts", "paume" et "pouce", le site catalytique se situant à la jonction entre ces trois domaines. Un segment C-Terminal de 40 acides aminés appelé "connecteur" part du pouce et relie les 530 résidus N-terminaux à une ancre transmembranaire de 21 résidus. La position du connecteur, replié au sein de la crevasse catalytique, est critique pour l'initiation de la synthèse d'ARN mais inhibitrice pour le processus d'élongation puisqu'il bloque l'enzyme en forme "pouce fermé". L'objectif de ce travail a été de réunir des informations biochimiques et structurales sur NS5B afin de mieux comprendre les mécanismes de la synthèse d'ARN de novo par le VHC, et plus spécifiquement les changements de conformation qui ont lieu lors de la transition entre les étapes d'initiation de d'élongation. Nous proposons un schéma explicatif de la séquence d'événements qui permettent la synthèse d'ARN. Celle-ci débute par la reconnaissance et la fixation de NS5B sur le génome viral, suivi par la fixation des deux premiers nucléotides incorporés, puis un repositionnement du dinucléotide néo-synthétisé grâce à des changements de conformation de NS5B pour permettre la poursuite de la synthèse d'ARN. La description de ce mécanisme constitue une avancée importante dans la compréhension du fonctionnement de VHC-NS5B.