Etude du cycle viral de SSV1, un virus d'archaea thermoacidophile

Study of the life cycle of SSV1, a thermoacidophile virus

• Auteur / Autrice : Xavier Giroux
• Direction : Marie-Claude Serre
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques
• Date : Soutenance en 2010
• Etablissement(s) : Paris 11
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université de Paris-Sud. Faculté des sciences d'Orsay (Essonne)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Virus -- Reproduction (biologie)

Mots clés libres

Fusellovirus

Résumé

Les Archaea ont été identifiées en 1978 par Carl Woese, séparant le domaine du vivant en trois domaines distinct. Ces organismes ont principalement été isolés à partir d'environnements extrêmes (haute température, haute salinité. . . ). A ce jour, une cinquantaine de virus d'archaea ont été identifiés, et ils présentent une grande variété de morphotypes. Les Fusellovirus, qui infectent les archaea thermoacidophile du genre Sulfolobus, sont parmi les plus étudiés. Les génomes de neuf Fusellovirus ont été séquencés jusqu'à présent, et treize CDS sont communes à l'ensemble de ces virus. Il a été prédit sur la base d'analyses in silico que l'une de ces treize CDS, B251, code un initiateur de réplication de type bactérien. Nous avons montré que B251 possède les caractéristiques d'un initiateur de réplication de type bactérien. Nous avons également identifié une protéine pouvant être impliquée dans l'initiation de la réplication des Fusellovirus. B129 est une protéine à doigt de zinc qui se fixe à la fois sur l'origine de réplication et à proximité du site de recombinaison attP, propriété similaire à celles d'IHF d'E. Coli. En parallèle de ces analyses in vitro, nous avons étudié in silico l'organisation des génomes des Fusellovirus afin de localiser leur origine de réplication. Ces analyses nous ont permis de séparer les Fusellovirus en deux groupes se répliquant potentiellement selon des mécanismes différents. L'ensemble des résultats obtenus participe à une meilleure compréhension du cycle viral des Fusellovirus.

Ln 1978, Carl Woese identified a third domain of life, the Archaea. These organisms were first identified in extreme environmental conditions, such as high temperature and high salt concentration. There are about fifty archaeal viruses currently identified, and they have a large variety of morphotypes. Among these viruses, the Fuselloviruses are the best characterized. They infect members of the Sulfolobus genus, isolated from sulfurous hot springs. There are currently nine Fuselloviruses genomes sequenced, with thirteen CDS common to all these viruses. Ln silico analysis predicted that one of these thirteen CDS, B251, could encode a bacterial-like replication initiator. We found that B251 have the characteristics of a bacterial-like replication initiator. We also identified a protein, which could be involved in replication initiation. B 129 is a zinc finger protein wich binds both to the origin of replication and close to the attP site, reminiscent of IHF in E. Coli. We performed in silico analyses of the nine Fuselloviruses genomes to identify their replication origin. Using GC skew analyses, we found that the Fuselloviruses could be divided in two subgroups, each of which replicate their DNA in a different way. All these results help to understand how the Fuselloviruses replicate their DNA and will provide a better understanding of their life cycle.