Epidémiologie moléculaire et diversité génétique d'agents pathogènes bactériens humains : mise en oeuvre de nouvelles techniques de génotypage multiplexées et à haut débit sur mycobacterium tuberculosis et salmonella enterica

Molecular epidemiology and genetic diversity of human pathogenic bacterial agents : implementation of novel multiplexing high throughput genotyping methods for mycobacterium tuberculosis and salmonella enterica

• Auteur / Autrice : Jian Zhang
• Direction : Christophe Sola
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques
• Date : Soutenance en 2010
• Etablissement(s) : Paris 11
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université de Paris-Sud. Faculté des sciences d'Orsay (Essonne)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Génotype

Tuberculose

Mots clés libres

Luminex

Crispr

Multiplexage

Résumé

La tuberculose est un problème de santé publique mondiale. Cette maladie infectieuse cause environ 2 millions de morts chaque année. L'étude de l'épidémiologie de la tuberculose est essentielle pour sa surveillance et le contrôle de sa propagation. Le génotypage des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis (MTC), l'agent responsable de la tuberculose, permet une caractérisation moléculaire rapide de ce dernier. Dans la première partie de mes travaux de thèse, avec les méthodes de génotypage actuelles, nous avons évalué la diversité génétique de MTC dans deux régions géographiquement différentes. Le système Luminex xMAP® basé sur des microbilles est un outil flexible pour de nombreuses applications médicales et scientifiques. La deuxième partie de mes travaux a consisté à développer des méthodes de multiplexage à haut débit automatisées, sur la base du système Luminex xMAP®, qui permettent de réaliser des analyses moléculaire des souches de M tuberculosis à différents niveaux de précision. La région CRISPR (clustered regularly interspaced palindromic repeats) est une structure génétique très répandue chez les Archaea et les Eubactéries. Cette structure peut refléter la diversité génétique et l'évolution moléculaire des microorganismes. Dans la troisième partie de ma thèse, nous avons transféré une méthode d'étude ciblant deux loci CRISPR et précédemment développée chez M tuberculosis à un autre pathogène : Salmonella enterica, et l'avons mise en place sur le système Luminex xMAP®

Tuberculosis is a worldwide problem of public health, causing approximately 2 million deaths each year. The epidemiology of tuberculosis is essential for monitoring and controlling its propagation. The genotyping of strains of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC), its agent, allows a fast molecular detection of recent transmission events, and the description of the diversity of this pathogen. Ln the first part of my work of thesis, with the current methods of genotyping, we evaluated the genetic diversity of MTC in two geographically different areas. The system Luminex xMAP® based on microbeads is a flexible tool for many medical applications and research activities. The second part of my work consisted in developing automated multiplexing high throughput methods, on the basis of system Luminex xMAP®, which makes it possible to carry out fast molecular analyses of the strains of M tuberculosis at various levels of precision. CRISPR region (clustered regularly interspaced palindromic repeats) is a very widespread genetic structure among Archaea and Eubacteria. This structure can reflect the genetic diversity and the molecular evolution of micro-organisms. Ln the third part of my thesis, we transferred the method developed in M. Tuberculosis on two loci CRISPR of another pathogen, Salmonella enterica, and implemented it on the Luminex xMAP® system.