Thèse soutenue

Impact des processus de mutation et de recombinaison sur la diversité génomique au sein de l'espèce Escherichia coli

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Auteur / Autrice : Claire Hoede
Direction : Erick DenamurOlivier Tenaillon
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génétique
Date : Soutenance en 2010
Etablissement(s) : Paris 7

Mots clés

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Résumé

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Escherichia coli constitue la majeure partie de la flore microbienne commensale aéro-anaérobie du tube digestif de l'hôte. Pourtant K coli est aussi une des espèces les plus fréquemment rencontrées en pathologie humaine et animale. C'est l'une des espèces bactériennes les plus étudiées et les plus connues. L'évolution des génomes au sein de l’espèce repose sur deux mécanismes distincts : la mutation et la recombinaison, qui génèrent une diversité génétique sur laquelle la sélection naturelle peut opéra*. Dans notre travail, nous nous sommes intéressés à ces processus et aux traces qu'ils laissent dans les génomes. Nous avons, en premier lieu, décrit une forme de mutabilité variable le long du génome car liée à l'existence de structure secondaire locale de l'ADN : la mutabilité transcriptionnelle. Nous avons pu d'une part quantifier cette mutagenèse et d'autre part révéler une réponse sélective au sein du génome pour en limiter les effets. La recombinaison, quant à elle, est connue pour brouiller le signal phylogénétique de manière importante. En second lieu, nous avons montré par une approche de génomique comparative que, malgré un taux relativement élevé de recombinaison, rétablissement d'une phylogénie robuste était possible. De plus, nous avons mis en évidence que les nombreuses acquisitions et pertes de gênes dans le génome des différentes souches d*E. Coli se situaient préférentiellement à certains sites. Enfin, nous avons utilisé la structure phylogénétique de l’espèce à des applications taxonomiques et épidémiologiques.