Thèse soutenue

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Auteur / Autrice : Eric Letouzé
Direction : Frédéric Guyon
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Analyse de génomes et modélisation moléculaire
Date : Soutenance en 2010
Etablissement(s) : Paris 7

Résumé

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Comprendre la série d'altérations qui sous-tend le développement du cancer est important, pour déterminer les gènes impliqués dans les étapes cruciales de cette progression, pouvoir mieux prédire le pronostic de chaque patient, et déterminer le traitement le plus approprié à chaque cas. Les aberrations chromosomiques, en modifiant le nombre de copies, donc le niveau d'expression des gènes, jouent ainsi un rôle actif dans la tumorigenèse. Des outils récents, les puces CGH et les puces SNP, permettent la détection pangénomique de ces altérations. Dans ce manuscript, j'ai tenté de reconstituer la séquence d'aberrations chromosomiques au cours du développement du cancer de la vessie, en suivant 3 approches. Premièrement, j'ai utilisé les techniques existantes pour extraire des motifs généraux d'aberrations chromosomiques à partir des profils CGH au sein d'un jeu de données de 78 tumeurs de vessie indépendantes. J'ai ensuite proposé un algorithme, TuMult, pour reconstruire automatiquement la filiation des tumeurs, et la séquence d'aberrations chromosomiques au cours du cancer, à partir de l'analyse de plusieurs échantillons d'un même patient. Appliqué à des données réelles de cancers de vessie, de sein, et de cancers de la prostate métastasés, TuMult a permis d'obtenir des résultats intéressants sur l'ordre d'apparition des événements au sein de chaque cancer et les événements clés de la progression tumorale. Finalement, j'ai évalué la possibilité d'utiliser l'hétérogénéité intra-tumorale pour reconstruire la séquence des événements à l'origine d'un cancer en analysant plusieurs prélèvements au sein d'une même tumeur.