Génomique comparative des levures hémiascomycètes : leçons tirées de l'évolution d'organismes unicellulaires eucaryotes

Comparative genomics of hemiascomycetous

• Auteur / Autrice : Thomas Rolland
• Direction : Bernard Dujon
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Analyse des génomes
• Date : Soutenance en 2010
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés contrôlés

Levure (agent de fermentation)

Saccharomycetes

Génomique comparative

Résumé

Les levures fournissent un ensemble important de plus de 30 génomes séquencés, permettant le développement d'approches de génomique comparative. L'importante échelle évolutive, en plus de propriétés génomiques de certains groupes ou certaines espèces, nous ont permis d'appréhender les modications dynamiques de contenu et d'architecture des génomes. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés aux génomes des levures protoploides, n'ayant pas subi la duplication totale de génome, dans le but de mesurer la conservation de synténie chez 5 espèces voisines. Malgré un fort degré de réarrangements chromosomiques entre eux, plus de 80% des génomes codants sont concentrés dans de petits blocs synténiques. La comparaison de cette mesure à la divergence de séquences d'orthologues a montré des effets différents de ces forces évolutives selon les temps de spéciation. Par la suite, nous avons développé une méthode de détection systématique de gènes transférés horizontalement dans les régions synténiques conservées de ces 5 génomes. L'identification de 15 nouveaux cas potentiels suggère que ce mécanisme doit avoir un impact important dans les génomes eucaryotes. Enfin, nous avons étudié la dynamique de propagation de grandes répétitions en tandem, appelées mégasatellites, découvertes chez la levure Candida glabrata. Nous avons développé une méthode de mesure des distances évolutives entre les répétitions prises individuellement, basée sur des modèles de substitutions de bases connus et une approche d'identification de groupes dans un graphe. Nous avons ainsi montré que les répétitions peuvent être échangées entre mégasatellites, ce qui suggère un nouveau mécanisme de propagation