Etude comparative des rétrotransposons DIRS1 dans les génomes de crustacés décapodes et autres eucaryotes

Comparative study of the DIRS1-like retrotransposons in the genomes of decapod crustaceans and other eukaryote species

• Auteur / Autrice : Mathieu Piednoël
• Direction : Eric Bonnivard
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Génétique
• Date : Soutenance en 2010
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés contrôlés

Décapodes (crustacés)

Ressources génétiques

Protistes eucaryotes

Rétrotransposons

Résumé

Les rétrotransposons DIRS1 constituent une superfamille d’éléments à tyrosine recombinase. N’ayant été identifiés que dans peu d’espèces, ils restent aujourd’hui méconnus. Nous avons donc étudié leur distribution chez les crustacés décapodes par une approche moléculaire. Cette analyse a permis de révéler la présence de ces éléments chez 16 des 26 espèces testées. Ils peuvent notamment être largement distribués au sein de certains phylums, notamment les crevettes. Aux vues de la large répartition de ces rétrotransposons chez les décapodes, nous avons voulu estimer leur distribution dans l’ensemble des eucaryotes. Pour cela nous avons développé un nouvel outil de détection in silico capable d’identifier des éléments bien conservés au sein de génomes complètement séquencés. L’analyse de 276 génomes a permis d’identifier plus de 300 familles chez 31 espèces diverses. Ces éléments sont présents dans de nombreux phylums, notamment chez les métazoaires, et apparaissent largement répartis dans certains d’entre eux tels que les actinoptérygiens. Ainsi, nous décrivons les premiers éléments DIRS1 chez les mollusques et les céphalocordés. Nous avons ensuite étendu notre étude aux rétrotransposons à LTR chez la crevette Rimicaris exoculata, qui présente deux éléments de type DIRS1. Nous avons ainsi identifié 3 éléments de type Ty1/Copia et 5 éléments de type Ty3/Gypsy Les analyses phylogénétiques montrent que les éléments de type Ty1/Copia font partie d’un même clade, le clade GalEa, au contraire des éléments Ty3/Gypsy. L'étude comparative de ces rétrotransposons a alors été élargit à d’autres espèces de décapodes.