Algorithmes d'interprétation de la résistance aux antirétroviraux : sources de variabilité et élaboration d'un algorithme dans le cas de la didanosine

Genotypic resistance algorithms : source of variability and development of an algorithm in the case of didanosine

• Auteur / Autrice : Lambert Assoumou
• Direction : Dominique Costagliola
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Épidémiologie clinique
• Date : Soutenance en 2010
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés contrôlés

Algorithmes génétiques

Didanosine

Modèles mathématiques

Résistance aux antirétroviraux

Résumé

La sélection de souches VIH-1 résistantes est l’un des principaux facteurs qui limite l’efficacité des traitements antirétroviraux. Plusieurs systèmes ont été développés pour interpréter les résultats des tests génotypiques. Cependant, de nombreuses études ont signalé de fortes discordances dans l’interprétation de la résistance à la didanosine. Pour tenter de comprendre les sources de divergences et apporter des solutions, nous avons d’abord évalué le taux de concordance entre les systèmes actuels et leur capacité à prédire la réponse virologique à la didanosine, puis le rôle respectif des caractéristiques des patients et des méthodes statistiques dans la variabilité des mutations incluses dans les algorithmes, et enfin élaborer un nouvel algorithme d’interprétation de la résistance à la didanosine. Nous avons confirmé la forte discordance entre les systèmes actuels dans l’interprétation de la résistance à la didanosine, et avons montré que, seul un système était capable de prédire correctement la réponse virologique à la semaine 8 et aucun à la semaine 24. Ensuite, nous avons montré que le jeu de données utilisé pour construire les algorithmes contribue plus que la méthode statistique à la variabilité des mutations incluses dans les algorithmes. Enfin, nous avons construit un nouvel algorithme qui s’est montré plus performant comparé au meilleur système actuel pour l’interprétation de la résistance à la didanosine. Notre travail souligne la nécessité d’une collaboration internationale pour constituer des bases de données de tailles suffisamment grandes et représentatives de la population VIH dans la construction des algorithmes d’interprétation du génotype