Thèse soutenue

Approche conjointe de cartographie par analyse de liaison et génétique d’association pour appréhender l’architecture génétique de la résistance quantitative du colza à la Nécrose du collet

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Auteur / Autrice : Jestin Christophe
Direction : Régine Pellan-Delourme
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie et agronomie
Date : Soutenance en 2010
Etablissement(s) : Rennes, Agrocampus Ouest

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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L’amélioration de l’efficacité et de la durabilité de la résistance aux maladies des plantes cultivées passe le plus souvent par l’exploitation de la résistance quantitative, sous l’hypothèse qu’une diversité de facteurs de résistance quantitative (QTL) rend plus difficile le contournement de la résistance par l’agent pathogène. Pour intégrer ces QTL de résistance dans des stratégies de gestion efficace et durable de la résistance, il est nécessaire de déterminer avec précision leur localisation, mais aussi leur stabilité/spécificité et leurs effets alléliques dans différents fonds génétiques. La Nécrose du collet, causée par le champignon Leptosphaeria maculans est l’une des maladies les plus préjudiciables du colza. Les études génétiques de la résistance quantitative se sont jusqu’à présent concentrées sur la seule source de résistance ‘Darmor’. Dans un tel contexte, l’objectif de cette thèse a consisté à mieux appréhender l’organisation et la diversité des facteurs génétiques intervenant dans l'expression de la résistance quantitative du colza à L. Maculans, en précisant la localisation et les effets de certains de ces facteurs. Le développement d’une méthode de phénotypage sélectif a permis de préciser la localisation de certains des QTL de résistance au sein d’une population d’haploïdes doublés. De nouvelles sources de résistance ont été étudiées par des approches de génétique d’association au sein d’une collection de colza d’hiver et de cartographie par analyse de liaison dans des populations multiparentales connectées. La comparaison de l’ensemble des analyses a montré que l’architecture de la résistance quantitative du colza à la Nécrose du collet est très complexe et contrôlée par de nombreux QTL à effets faibles. La complémentarité des différentes approches a permis de (i) confirmer la présence et la stabilité de certains QTL de ‘Darmor’ dans différents fonds génétiques, (ii) d’identifier de nouveaux QTL de résistance, (iii) d’identifier des QTL potentiellement communs ou spécifiques aux différentes sources de résistance (iv) et de préciser la localisation de certains QTL. Ce travail a conduit à une meilleure connaissance de l’architecture sous-jacente à la résistance quantitative dans ce pathosystème et souligne une diversité potentielle de QTL. Cette étude a permis de proposer des pistes de recherche pour une meilleure caractérisation de ces QTL et une utilisation dans la construction de variétés à résistance efficace et durable