Contributions des phylogénies moléculaires à la systématique et à la compréhension de l'évolution des algues brunes (Ochrophyta, Phaeophyceae)

• Auteur / Autrice : Thomas Silberfeld
• Direction : Bruno de Reviers
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Systématique et évolution
• Date : Soutenance en 2010
• Etablissement(s) : Paris, Muséum national d'histoire naturelle
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la nature et de l'Homme - Évolution et écologie (Paris ; 1995-....)
• Jury : Président / Présidente : Jean-François Silvain
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Sophie Nadot, Gary W. Saunders

Mots clés

Mots clés contrôlés

Phylogénie moléculaire

Phéophycinées

Résumé

La systématique des algues brunes (Ochrophyta, Phaeophyceae) est longtemps restée nébuleuse. L'objectif de cette thèse était d'explorer la systématique des Phaeophyceae à des échelles variées au moyen de phylogénies moléculaires. Un jeu de données de plus de 10 000 pb a été analysé afin de réévaluer les relations inter-ordinales. Des temps de divergence moyens ont en outre été estimés sous un modèle d'horloge moléculaire relâchée et calibrée par le registre fossile. Ces estimations suggèrent que l'histoire des Phaeophyceae a été marquée par un épisode d'accélération des cladogénèses pendant env. 30 Ma au cours du Crétacé inférieur. Nos analyses nous ont également permis de clarifier la systématique de plusieurs taxons à pyrénoïdes (ex. Chordariopsis, Spongonema), et de proposer un nouvel ordre des Asterocladonales. Enfin, un riche échantillonnage pour le genre Padina (Dictyotales) nous a permis une investigation des processus de spéciation et de la biogéographie chez ce genre.

Systematics of brown algae (Ochrophyta, Phaeophyceae) has long remained a significant challenge. The goal of my PhD was to explore systematics within Phaeophyceae at various scales through molecular phylogenies. First, a 10,000+ nt data set was analysed to reassess interordinal relationships. Moreover, mean divergence times were estimated under a fossil-calibrated bayesian relaxed molecular clock model. Our estimates suggest that the evolutionary history of brown algae was marked by an increase in the cladogenetic rhythm for ca 30 Ma during Lower Cretaceous. Multi-locus data sets have also allowed us to clarify the systematic position of several poorly studied pyrenoid-bearing taxa (e. G. Chordariopsis, Spongonema), and noticeably resulted in the proposal of a new order Asterocladonales. Finally, the availability of a rich sampling for the genus Padina (Dictyotales) has allowed us to shed light upon speciation processes and biogeography in the genus.