New viruses isolated from hydrothermal deep-sea vent

• Auteur / Autrice : Aurore Gorlas
• Direction : Daniel Prieur
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Soutenance en 2010
• Etablissement(s) : Brest

Mots clés

Mots clés contrôlés

Archéobactéries

Bouches hydrothermales

Thermococcales

Mots clés libres

Hydrothermal vents

Hyperthermophile

Marine

Archaea

Viruses

Résumé

Les virus représentent un énorme réservoir en termes de biodiversité. Parmi les 5550 virus de procaryotes connus à ce jour, seulement une soixantaine de virus d’Archaea ont été isolés et décrits. Ces derniers sont répartis en 8 nouvelles familles. A ce jour, une seule particule de type viral a été isolée d’une euryarchée hyperthermophile marine, il s’agit de PAVI isolé de Pyrococcus abyssi. Mon travail de thèse a consisté à rechercher et à caractériser de nouveaux virus isolés deuryarchées hyperthermophiles appartenant à l’ordre des Thermococcales. Cet ordre est composé de micro-organismes anaérobies et hétérotrophes métabolisant le soufre. Nous avons ainsi pu mettre en évidence un nouveau virus dont l’hôte est une nouvelle espèce de Thermococcus, isolée d’une cheminée hydrothermale collectée sur la dorsale Est-Pacifique à 2700 mètres de profondeur. Une première étude a conduit à la caractérisation de cette nouvelle souche: T. Prieurii sp. Nov (article soumis). Le virus porté par T. Prieurii, TPV1, a la forme d’un citron (140 nm x 80 nm) et ressemble aux Fusellovirus. Par la mise au point d’une méthode originale, dérivée des «spots tests », nous avons prouvé le caractère infectieux de TPV1 et mis en évidence une gamme d’h6tes. Le génome de TPV1 est constitué d’un ADN double brin circulaire de 21,5 kb. également présent sous une forme extra- chromosomique (20 copies par cellule). 12 ORFs ont pu être annotés. Ce virus qui n’est pas encore classé pourrait nécessiter la création d’une nouvelle famille virale.

Recent studies have revealed that viruses represent a large part of the biodiversity in natural environments suggesting that they participate to the diversity within organisms. Viruses infecting prokaryotes (Bacteria and Archaea) constitute the largest & ail viral groups. However, our knowledge of viruses of Archaea is rather limited with less than 60 archaeal viruses well described to date. Viruses of Archaea are classified in 8 new viral familles. To date, only one virus like-particle was isolated from a hyperthermophilic marine euryarchaeote: PAV1 isolated from Pyrococcus abyssi. During my PhD work, I have screened and characterized new viruses from the Thermococcales order. We found a new virus in a strain of Thermococcus sp, isolated from a hydrothermal chimney sample collected from the East pacific Rise at 2700 m depth. The first study led to the characterization of Thermococcus prieurii sp. Nov which is hyperthermophile, strictly anaerobe, and chemoorganotroph. The virus isolated from Thermococcus prieurii, named TPV1, is lemon-shaped (140 nm x 80 nm) and resembles to members of the Fuselloviridae family. The infectious character of TPV1 was proved by using an original method derived from the spot tests, and its host range was established. TPVI particles contain a double-stranded circular DNA of 21. 5 kb which is present in a free form in the host cytoplasm, at approximately 20 copies per chromosome. This genome was totally sequenced and 26 ORFs were identified. 12 ORFs were annotated. This virus s not yet classified and should be attached to a novel viral family.