Aide à l'exploration et à la découverte de relations dans des données de la Génomique Médicale Fonctionnelle
Auteur / Autrice : | Arriel Benis |
Direction : | Jean-Daniel Zucker, Mélanie Courtine |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Informatique médicale |
Date : | Soutenance en 2009 |
Etablissement(s) : | Paris 13 |
Jury : | Examinateurs / Examinatrices : Younès Bennani, Alain Venot |
Rapporteurs / Rapporteuses : Alain Duhamel, Pascal Roy |
Résumé
La Fouille de Données est un domaine de recherche émergent en Informatique Médicale. Aujourd’hui, les protocoles de recherche clinique ne se contentent plus de collecter des données uniquement médicales, mais ils s’intéressent aussi aux données génétiques et génomiques. Les approches utilisées par les biologistes dans ce contexte n’étudient qu’une infime partie des données en se fondant sur des a priori. Nos travaux reposent sur l’automatisation de ce processus d’analyse. Premièrement, cette thèse s’intéressera à la mise en place d’un flux de données adapté aux données que nous souhaitons traiter (données biocliniques et issues de puces à ADNc). Ensuite, les valeurs singulières, dues à la qualité relative des données et sources d’erreurs, seront identifiées automatiquement grâce à une méthode de classification. Enfin, l’ensemble de ces résultats sera présenté de manière accessible aux experts. Des expérimentations ont été menées dans le domaine de l’étude des Obésités et ont permis de valider notre processus et de découvrir des biomarqueurs. Une analyse globale d’usage et d’utilisabilité a montré l’intérêt de notre approche.