Thèse soutenue

Terminaison de la transcription et dégradation des ARNs chez Saccharomyces cerevisiae
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Auteur / Autrice : Rajani Kanth Gudipati
Direction : Domenico Libri
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences biologiques. Biologie moléculaire
Date : Soutenance en 2009
Etablissement(s) : Paris 11
Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université de Paris-Sud. Faculté des sciences d'Orsay (Essonne)

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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Les trancrits crytiques instables (CUTs) sont de petits ARNs de 300-600nt transcrits par l’ARN polymérase II qui sont rapidement dégradés par l’exosome nucléaire de levure. Les CUTs sont uniforméments répartis sur tout le génome de levure ou ils constitueraient la plus grande partie de la transcription cachée. Le processus de terminaison associé a la transcription des genes de type CUTs fait appel au complexe Nrd1 qui intervient également dans la terminaison des précurseurs de sno/snARNs. Nous avons montré que ce mode de terminaison, ainsi que la subséquente dégradation d’ARN, dépend de la distance entre l’ARN polymerase II et le site d’initiation de transcription, de manière corrélée avec l’état de phosphorylation du domaine carboxy-terminal (CTD) de l’ARN polymerase II. L’exosome est un complexe multi-protéique, structuralement et fonctionnellement conservé au cours de l’évolution, intervenant dans la degradation exonucléolytique 3'5' d’ARN. DIS3/Rrp44p est la seule sous-unité de l’exosome qui est active enzymatiquement. Cette activité est duale et repartie sur deux domaines fonctionnellement distincts ; l’un en C-terminal pour l’activité exonucléolytique 3'5' et un domaine de type PIN pour le clivage endonucléolytique. Nous avons découvert de manière fortuite qu’une double mutations des domaines Exo- et Endo- nucléolytiques est nécessaire pour la stabilisation de formes allongées en 3’ du snoARN SNR13 alors que la mutation individuelle de chacun des deux domaines n’est pas suffisante. L’analyse du transcriptome pas le biais de puces de type « micro-arrays » nous a montrés que de nombreuses classes de transcrits sont stabilisées dans les mutants de dis3. Tous ces résultats ont été ou sont en cours de confirmation par d’autres analyses individuelles des nouveaux ARN candidats.