Amélioration des méthodes pour la détection des éléments intégrés dans les génomes de bactéries et d’archaeaÉtude du système Xer-dif chez les Archaea
Auteur / Autrice : | Diego Cortez |
Direction : | Patrick Forterre |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Sciences biologiques |
Date : | Soutenance en 2009 |
Etablissement(s) : | Paris 11 |
Partenaire(s) de recherche : | Autre partenaire : Université de Paris-Sud. Faculté des sciences d'Orsay (Essonne) |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Les archées, le troisième domaine du vivant, ont des chromosomes circulaires et une machinerie de recombinaison homologue active. Par conséquent, les archées doivent héberger un mécanisme pour résoudre les éventuels dimères de chromosomes et ainsi surmonter cet obstacle dans leur cycle cellulaire. Nous avons identifié des sites dif dans des différents chromosomes d’archées, localisés toujours dans la région où la réplication se termine. Les protéines XerA est très active et capable de résoudre et de former des multimères de plasmides. Nos résultats indiquent que Xer/dif était présent à la base des bactéries et des archées, bien qu’on ne puisse pas distinguer s’il est dû à un transfert horizontal entre domaines ou à une présence chez LUCA. Les génomes de bactéries et d’archées possèdent un certain nombre de gènes d’origine étrangère qui sont arrivés par des événements récents de transfert horizontal de gènes. Néanmoins, le rôle de ces éléments intégratifs, comme les virus, les plasmides, les transposons, dans ce processus, n’a pas été entièrement quantifié. Nous avons réalisé une analyse globale des éléments intégratifs dans 119 génomes d’archées et de bactéries. Les résultats de ce travail indiquent que les génomes d’archées et de bactéries possèdent un nombre important d’éléments étrangers (dont les séquences orphelines) qui proviennent d’un énorme réservoir des éléments intégratifs que l’on à peine commencé à explorer.