Amarrage macromoléculaire : applications au nucléofilament RecA

Macromolecular Docking : applications to the RecA nucleofilament

• Auteur / Autrice : Adrien Saladin
• Direction : Chantal Prévost, Martin Zacharias
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Analyse de génomes et modélisation moléculaire
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Paris 7

Mots clés

Mots clés contrôlés

Logiciel

Algorithmes

Cartographie d'interactions entre protéines

Bases de données de protéines

Rec A Recombinases

Analyse de séquence d'ADN

Résumé

Les protéines jouent un rôle central dans de nombreux processus cellulaire et peuvent intervenir dans de nombreuses interactions différentes, avec d'autres protéines, de l'ADN, des lipides, ou de petits ligands. La détermination de ces interactions est fondamentale pour pouvoir comprendre des processus biologiques majeurs et de nombreuses méthodes expérimentales ont été développées pour les caractériser. Cependant les méthodes expérimentales sont longues et coûteuses et les méthodes informatisées de prédictions d'interactions pourraient, à terme, fournir dans ce contexte une aide précieuse permettant de guider de futures expériences en biochimie et biologie moléculaire. Le développement logiciels d'amarrage est également un processus difficile mettant en jeu des cycles de conception d'algorithme, d'implémentation et de tests. Au cours de ma thèse, j'ai développé une librairie orientée objet pour favoriser et accélérer les étapes d'implémentation et de tests des méthodes d'amarrage. Cette librairie, programmée en C++ et interfacée avec le langage de script Python, a été utilisée pour mettre au point et tester de nouvelles méthodes appliquées à l'amarrage protéine-ADN et à l'amarrage multi-composants. Des programmes développés à l'aide de cette librairie sont actuellement appliqués à l'étude des modes d'amarrage de l'ADN au complexe RecA, responsable de la recombinaison homologue chez les bactéries.

Proteins play a central role in various cellular processes with various interactions with other proteins, DNA, lipids or small ligands. Because the determination of these interactions is fundamental for understanding key biological processes, several experimental methods have been developed to characterize them. Experimental studies can take a long time and an expensive. Computational methods can therefore be of great help to guide future biochemical experiments. Development of docking software is a long process involving cycles of algorithm conception, programming and tests. During my thesis, I developed an object oriented library to help and speed-up development and tests of docking methods. This library was programmed in C++ with Python bindings, and has been used to test new methods applied to protein-DNA docking and multicomponent docking. Programs made with the help of this library are presently used to study the binding of DNA to the RecA complex, responsible of homologous recombination.