Etude du dialogue microbiote intestinal-hôte par une approche métagénomique ciblant la voie de signalisation NF-κB

Study of the host-intestinal microbiota crosstalk using a metagenomic approach targeting the NF-kappaB signaling pathway

• Auteur / Autrice : Omar Lakhdari
• Direction : Hervé Blottière, Fabrice Lefèvre
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Physiologie et physiopathologie
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Paris 6 en cotutelle avec LibraGen

Mots clés

Mots clés libres

Microbiote

Dialogue

NF-kappaB

Cellules épithéliales

Criblage haut débit

Métagénomique

Résumé

Le microbiote intestinal joue un rôle bénéfique pour la santé de l’hôte et contribue à la physiologie intestinale grâce à un dialogue unique entretenu avec la barrière épithéliale et son système immunitaire. L’exploration des fonctions du microbiote intestinal impactant les réponses immunitaires de l’hôte a été développée suivant une approche moléculaire globale: la métagénomique. Nous avons établi une méthode de criblage fonctionnel à haut débit utilisant la stratégie des gènes rapporteurs afin d’étudier les interactions microbiote-hôte impliquant la régulation du facteur de transcription NF-κB, un élément clef de la réponse immunitaire et inflammatoire. Cette méthode repose sur l’utilisation de cellules épithéliales coliques humaines exprimant un système rapporteur de l’activation de NF-κB. Après avoir été caractérisées, ces cellules ont été utilisées pour des criblages de banques métagénomiques du microbiote intestinal humain et de collections de souches commensales humaines cultivables afin d’identifier des capacités modulatrices de NF-κB. Sur 2640 clones métagénomiques testés, nous avons identifié 171 clones modulateurs de l’activité NF-κB. De plus, des effets pro et anti-inflammatoires de bactéries commensales ont été révélés, avec un intérêt porté sur la caractérisation de l’effet anti-inflammatoire de Streptococcus salivarius. Cette approche originale ouvre une nouvelle voie vers l’identification d’espèces bactériennes commensales et de leurs métabolites capables de dialoguer avec les cellules épithéliales intestinales et d’en réguler la fonction immunitaire, avec des applications thérapeutiques possibles pour le traitement des maladies inflammatoires intestinales.