Contribution à l'étude de la flexibilité de l'ADN et à son rôle dans l'interaction non spécifique DNase I/ADN

Contribution to the study of the DNA flexibility and its role in the non specific interaction DNase I/ DNA

• Auteur / Autrice : Joséphine Abi Ghanem
• Direction : Brigitte Hartmann
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bioinformatique et génomique
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés libres

Adn

Déplacement chimique du phosphore

Biologie structurale

Interaction non spécifique

DNase I

Résumé

Dans cette thèse, nous avons d’abord mis au point la première méthode connue de raffinement RMN d’ADN-B à partir des déplacements chimiques du phosphore. Nous montrons que cette approche permet d’obtenir une description détaillée des propriétés d’oligomères d’ADN, à partir d’expériences de routine sur des molécules non marquées, en ayant l’avantage de réduire le temps expérimental d’acquisition des données classiquement utilisées dans les raffinements. Ayant raffiné deux oligomères d’ADN avec notre nouveau protocole, nous avons ensuite élucidé le rôle de leur flexibilité séquence dépendante dans la formation et l’activité du complexe DNase I/ADN. La DNase I, en concentration modérée, clive les jonctions phosphodiester le long de l’ADN avec des probabilités variables. Nous montrons que les pas flexibles dans l’ADN engendrent en aval un élargissement du petit sillon, ce qui, en favorisant la fixation de la DNase I, a pour résultat d’augmenter le taux de coupure à ce site. Ces résultats soulignent l’importance d’obtenir une représentation réaliste de la structure et de la dynamique de l’ADN pour mieux comprendre les mécanismes d’interaction ADN/protéines.