Thèse soutenue

FR
Auteur / Autrice : Corinne Maurice
Direction : Thierry BouvierRutger De Wit
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Limnologie et environnement aquatique
Date : Soutenance en 2009
Etablissement(s) : Montpellier 2 en cotutelle avec Université du Québec à Montréal
Ecole(s) doctorale(s) : Systèmes Intégrés en Biologie, Agronomie, Géosciences, Hydrosciences, Environnement (MontpellierÉcole Doctorale2009-2015)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Ecosystèmes lagunaires (Montpellier)
Equipe de recherche : Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (Montréal)

Résumé

FR  |  
EN

Dans les écosystèmes aquatiques, les bactériophages constituent le compartiment biologique le plus abondant, excédant par un ordre de grandeur celui des bactéries. Ces phages peuvent se répliquer selon deux cycles principaux: les cycles lytique et lysogène. Nos connaissances sur la prévalence et les facteurs de régulation de ces cycles proviennent en majorité d'études en conditions contrôlées, et les mécanismes environnementaux ou bactériens impliqués in situ restent peu connus. L'objectif général de cette thèse est d'étudier en milieu naturel la prévalence de ces deux cycles de réplication viraux et leurs mécanismes de régulation, de l'échelle de la cellule bactérienne à celle de l'écosystème. À l'échelle de la cellule bactérienne, nous avons montré l'importance de la physiologie et de l'activité cellulaire sur la prépondérance d'un cycle par rapport à l'autre. Plus précisément, nous avons mis en évidence un double rôle de la physiologie, agissant d'abord comme un signal pour la mise en place de la lysogénie, puis comme un signal inducteur du cycle lytique; menant au concept ‘d'abandonner le navire qui coule'. En plus de la physiologie, nous suggérons que certaines espèces phylogénétiques seraient plus susceptibles d'être lysogènes. À l'échelle de l'écosystème, la lysogénie serait plus fréquente dans les systèmes d'eau douce qu'au sein des lagunes côtières. De plus, la variabilité naturelle des conditions environnementales influence la dynamique de ces cycles, les plus fortes fréquences des deux cycles trouvées en conditions de variabilité environnementale intermédiaire. Enfin, une comparaison inter-écosystèmes indique une dynamique de remplacement des deux cycles, alors qu'au sein du même écosystème, ils peuvent co-exister et même co-varier. Ces travaux montrent in situ, l'influence de l'environnement sur les cycles de vie, directement à travers la variabilité des conditions environnementales, et indirectement à travers la physiologie et l'activité bactériennes.