Génomique comparative et analyse in silico des prophages dans le groupe Bacillus cereus
Auteur / Autrice : | Bouziane Moumen |
Direction : | Christophe Nguyen-The |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biochimie. Nutrition, aspects moléculaires et cellulaires |
Date : | Soutenance en 2009 |
Etablissement(s) : | Aix-Marseille 3 |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Résumé
Le groupe Bacillus cereus regroupe des bactéries taxonomiquement proches et diverses par leurs phénotypes. Les génomes de ces bactéries sont assez plastiques et le flux des gènes par des éléments mobiles entre les souches proches pourrait jouer un rôle important dans leur évolution. Parmi ces éléments mobiles, les prophages peuvent avoir un impact sur l’évolution de ces bactéries qui sont des pathogènes émergents. Dans cette étude, nous avons séquencé, analysé et étudié la fonctionnalité du prophage phIS3501 qui est intégré dans le gène hlyII de la souche B. Thuringiensis ATCC35646. L’excision de phIS3501 aboutit à la formation d’un gène hlyII intact codant une toxine potentiellement active. La similarité de ce mode de régulation avec celui mis en évidence chez Staphylococcus aureus indique une sélection pour ce type de système chez les bactéries pathogènes. Une étude in silico a été réalisée sur 14 génomes du groupe B. Cereus pour leurs contenus en prophages. 37 prophages et résidus de prophages ont été détectés. Les résultats issus de l’analyse et de la génomique comparative suggèrent que les prophages sont très répandus dans ce groupe de bactéries. L’échange génétique entre ces bactéries est fréquent et l’évolution se fait par le biais de recombinaisons par l'intermédiaire de ces prophages. Plusieurs gènes qui n’ont pas une relation directe avec le développement des phages ont été trouvés dans les génomes de ces prophages. Ces gènes peuvent avoir un rôle dans la conversion lysogénique de ces bactéries et pourraient participer à l’émergence de la pathogénicité par une expansion clonale ou un transfert de gènes horizontal.