Compare / MyoBase : base de données multi-organismes pour la biologie du muscle et les maladies musculaires

Compare / Myobase : multi-organism database for muscle biology and muscular diseases

• Auteur / Autrice : David Salgado
• Direction : Christophe Marcelle, François Coulier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bioinformatique. Biologie structurale et génomique
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Aix-Marseille 2
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Diffusion sélective de l'information

Muscles

Bioinformatique

Résumé

Le développement musculaire est contrôlé par des réseaux de gènes complexes et souvent méconnus, dont les dysfonctionnements chez l'homme comme chez les animaux peuvent engendrer de graves maladies musculaires. Les mécanismes biologiques permettant le développement, la fonction et la réparation musculaire ont été très largement conservés au cours de l'évolution chez les vertébrés supérieurs. Cependant, ces mécanismes n'ont été étudiés que dans certaines espèces, par exemple la fusion des myoblastes chez la drosophile ou la régénération musculaire chez la souris. Toutefois, les données issues de ces diverses études, par manque de système informatique adapté, sont souvent dispersées dans différentes bases de données et sous des formats différents. Trouver l'information requiert une bonne connaissance des différentes ressources bioinformatiques et la recherche d'informations est coûteuse en temps, rendant la comparaison et le transfert d'informations entre espèces complexe. Nous avons, donc, mis en place un système informatique, COMPARE/MyoBase, utilisable par les biologistes et les cliniciens travaillant dans le domaine de la biologie muscle. COMPARE permet la collecte, l’intégration, la comparaison ainsi que le transfert d'informations hétérogènes, provenant de différentes ressources publiques, entre plusieurs espèces. L’intégration de données s’intéressant au développement, la fonction et la réparation musculaire dans des conditions saines et pathologiques et le développement d’outils spécifiques nous a permis, sur la base de COMPARE, de développer une ressource MyoBase pour l’interrogation et l’intégration de données musculaires.

The development of muscles is controlled by complex and poorly characterized genes networks, which dysfunctions can cause in animals as well as in human severe muscular diseases. Biological mechanisms involved in development, function and repair of muscles are well conserved between evolutionary distant species. Often, these processes have only been studied in a small number of model organisms, for instance myoblast fusion in drosophila or muscle regeneration in mouse. However, because of the lack of adapted biological resources, those data are often scattered in various formats and databases. A good knowledge of each resource is required to find relevant information. The search for data is time consuming, the comparison and the transfer of data between species is tedious. For this purpose we develop a computational system, COMPARE/MyoBase for researchers and physicians working in muscle biology. COMPARE allows data retrieval, integration, comparison and transfer of heterogeneous, publicly available, data for a number of species. Data specific of muscle development, function and repair in normal and pathological condition have been integrated into the system. Together with the development of specialized tools, they serve as a basis to create MyoBase, a resource to query and integrate muscle data.