Le virus HSN1 au Cambodge

H5N1 virus in Cambodia

• Auteur / Autrice : Philippe Buchy
• Direction : Sylvie Van der Werf
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie et virologie
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Paris 7

Mots clés

Mots clés contrôlés

Sialidase

Microbiologie de l'eau

ARN viral

Antiviraux

épidémiologie

Cambodge

Sous-type H5N1 du virus de la grippe A

Résumé

Le virus H5N1 a été introduit pour la 1ere fois au Cambodge en décembre 2003. L'étude des infections humaines a montré que le virus H5N1 est responsable d'infections systémiques, qu'il peut être retrouvé à l’état infectieux dans le sang et au niveau du rectum. Il n'y a pas de mutation adaptative tissulaire sur la séquence de la HA. De rares mutations associées à une plus grande virulence ont été mises en évidence. Les virus H5N1 isolés au Cambodge ont une meilleure sensibilité aux inhibiteurs de la neuraminidase que des virus asiatiques plus anciens et comparable aux virus H1N1 sensibles circulant actuellement dans la région mais ils sont totalement résistants aux inhibiteurs de la pompe à protons en raison d'une double mutation sur la protéine M2. Nous avons développé une technique à haut débit de séroneutralisation utilisant des pseudoparticules H5 et mis en évidence la présence de cas humains asymptomatiques avec une prévalence entre 0 et 2 % dans les villages où des foyers de grippe aviaires ont été diagnostiqués. La baignade dans les mares à canards est un important facteur de risque d’infection. Nous avons identifié du virus non infectieux dans des mares et dans le sol des fermes en de multiples sites. Les analyses phylogénétiques montrent que le virus H5N1 a été introduit au Cambodge depuis le Vietnam lors de plusieurs vagues successives jusqu'à devenir endémique en 2006 dans la région du sud de la péninsule indochinoise. Le virus à évolué progressivement au fil des années ce qui s'est accompagné d'une dérive antigénique significative. Les échanges commerciaux de volailles ont joué un rôle majeur dans l'introduction et la circulation du virus.

H5N1 virus was firstly discovered in Cambodia in December 2003. A study of human infections shows that the virus is responsible for systemic infections and can be recovered in blood and rectum. There are no tissue adaptation mutations on HA protein. Only few mutations associated with higher virulence or human adaptation were found. Cambodian strains are more sensitive to neuraminidase-inhibitors than H5N1 viruses that were circulating previously in Asia but are resistant to ion channel inhibitors in relation with a double mutation on M2 protein. We developed a high-throughput serological test using H5 pseudotyped lentiviral particles and we discovered that 0 to 2% of the villagers (living in places were avian flu outbreaks occurred) have been asymptomatically infected. Bathing and swimming in ponds was associated with a higher risk of being contaminated, We identified H5N1 RNA in ponds and soil in farm settings. Phylogenetic analyses suggest that H5N1 was introduced in Cambodia from Vietnam during several waves and became endemic since 2006 in the South Indochina peninsula. H5N1 virus evolved with the time and a significant antigenic drift was observed. Commercial poultry exchanges play a major role in virus introduction and circulation.