Recherche Avancée

Thèse soutenue

Etude de la plasticité génomique de Vibrio splendidus et identification de facteurs de virulence

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Auteur / Autrice : Johan Binesse
Direction : Frédérique Le Roux
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Microbiologie
Date : Soutenance en 2008
Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

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Les Vibrio sont des bactéries à Gram négatif prédominante dans les environnements aquatiques. Les bactéries de ce genre possèdent une très grande diversité génétique et sont capables de coloniser diverses niches. Elles vivent sous forme planctonique dans la colonne d’eau, ou sont associées dans des biofilms ou des organismes hôtes en tant que bactérie commensale, mutualiste ou pathogène. L’existence de séquences complètes de génomes de Vibrio, provenant de diverses niches aquatiques, fait de ce genre bactérien un excellent modèle d’étude pour la comparaison de génomes. V. Splendidus présente une large diversité génotypique et plusieurs souches ont été démontrées comme étant virulentes. Pour mener une analyse plus large de la plasticité génomique chez V. Splendidus, le séquençage complet du génome de la souche LGP32, un pathogène de l’huître, a été réalisé et analysé. Les séquences partielles de deux autres isolats étant disponibles, il a été possible d’identifier in silico de nombreuses régions génomiques spécifiques de souche. Pour la moitié de ces îlots génomiques, nous n’avons pas découvert, à proximité, la présence d’éléments mobiles (entiers ou à l’état de traces). Les origines de la biodiversité de V. Splendidus restent donc à clarifier. L’annotation des gènes au niveau des îlots génomiques nous a conduit à l’identification in silico de gènes de virulence comme des métalloprotéases, des cytolysines et un système de sécrétion de type VI. Nous avons donc développé un système de génétique inverse pour réaliser des mutants de V. Splendidus. Nous avons démontré qu’une métalloprotéase (Vsm) est le facteur majeur de la létalité des produits extracellulaires de LGP32 quand ils sont injectés aux huîtres. Vsm est aussi nécessaire pour induire un effet cytopathique fort et dont la sévérité dépend du type cellulaire. Les peptides antimicrobiens sont les facteurs clés de la réponse immunitaire innée chez l’hôte, et la résistance à ces molécules est reconnue aujourd’hui comme un phénotype important pour la virulence d’une bactérie. Nous avons identifié des gènes qui pourraient jouer un rôle dans la résistance aux peptides antimicrobiens et nous avons démontré leur fonction lors d’expériences préliminaires.