Maladies infectieuses et écosystèmes : écologie des virus influenza aviaires en Camargue

Emerging diseases and ecosystems : ecology of avian influenza viruses in the Camargue (South of France)

• Auteur / Autrice : Camille Lebarbenchon
• Direction : Michel Gauthier-Clerc, Frédéric Thomas
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie de l'évolution et écologie
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Montpellier 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

Grippe aviaire

Parasitisme

Biodiversité

Écologie des eaux

Maladies infectieuses

Camargue (Bouches-du-Rhône, France)

Écologie des marais littoraux

Mots clés libres

Ecologie évolutive

Maladies infectieuses émergentes

Ecosystèmes aquatiques

Biodiversité

Parasitisme

Virus

Influenza A

Grippe aviaire

H5n1

H9n2

Anatidae

Laridae

Larus melanocephalus

Camargue

Résumé

Les maladies infectieuses émergentes sont aujourd'hui particulièrement étudiées et surveillées du fait de l'augmentation sans précédent de leurs nombres, de leurs vitesses et échelles de dispersion, que se soit au sein de la faune sauvage, domestique ou des populations humaines. Chez l'homme, il est estimé aujourd'hui que 75% de ces maladies émergentes ont une origine zoonotique, c'est à dire causées par des agents infectieux pouvant se transmettre naturellement entre l'homme et d'autres espèces d'animaux vertébrés. L'origine de l'émergence de ces zoonoses est à relier directement avec les perturbations générées par l'homme sur son environnement naturel à plus ou moins grande échelle. Mon travail s'inscrit dans ce contexte et se focalise plus particulièrement sur les interactions entre les pathogènes responsables de ces maladies et les écosystèmes. Les objectifs de ma thèse étaient donc (i) d'aborder l'étude des interactions entre activités humaines, parasitisme et écosystèmes, par l'intermédiaire de travaux de synthèse et de réflexion; (ii) d'étudier plus en détail l'écologie des virus influenza aviaires en Camargue et plus particulièrement les prévalences d'infections des communautés d'oiseaux présents tout au long de l'année, le rôle des écosystèmes aquatiques dans la dynamique temporelle de la maladie et les caractéristiques génétiques des virus circulant; (iii) d'étudier plus spécifiquement le virus hautement pathogène H5N1, à l'échelle de la Camargue mais aussi à une échelle plus large. Il est notamment mis en valeur la nécessité d'intégrer les connaissances relatives à l'écologie de l'hôte et au fonctionnement des écosystèmes dans l'étude de cette maladie émergente. Les travaux effectués ont permis d'accroître nos connaissances concernant l'écologie des virus influenza en Camargue et, plus généralement, de souligner la nécessité d'étudier les pathogènes responsables des zoonoses émergentes à l'échelle des écosystèmes

Emerging infectious diseases are particularly studied and monitored today because of their unprecedented increase in number, speed and wideness of dispersion within wildlife, domestic or human populations. In humans, it is now estimated that 75% of these emerging diseases have a zoonotic origin, meaning they are caused by infectious agents that can be transmitted naturally between humans and other vertebrate animal species. The origin of the emergence of these zoonoses is directly linked to human interference with the natural environment, to a greater or lesser degree. Within this framework, my thesis specifically focuses on the interactions between pathogens responsible for these diseases and ecosystems. The objectives were (i) to study interactions between human activities, parasites and ecosystems through synthesis and discussion papers; (ii) to study in more detail the ecology of avian influenza viruses in the Camargue, especially the prevalence of infections in bird communities present throughout the year, the role of aquatic ecosystems in the temporal dynamics of the disease, and genetic characteristics of the circulating virus; (iii) to study more specifically highly pathogenic H5N1 viruses within the Camargue but also on a wider scale, particularly to highlight the need to integrate knowledge about the ecology of the host and the functioning of ecosystems in the study of this emerging disease. The work led to increased knowledge of the ecology of influenza virus in the Camargue and, more generally, to stress the need to study pathogens responsible for emerging zoonotic diseases at the level of ecosystems