Étude du mécanisme de rétrotransposition de l'élément L1 humain : mobilisation d'ARN cellulaires et formation du complexe ribonucléoprotéique

• Auteur / Autrice : Aurélien Doucet
• Direction : Alain Bucheton
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie - Santé. Biochimie et biologie moléculaire
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Montpellier 1
• Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université de Montpellier I. Faculté de médecine (1969-2014)
• Jury : Président / Présidente : Marc Sitbon
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Nicolas Gilbert, Gaël Cristofari
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Jean-Marc Deragon, Christophe Terzian

Mots clés

Mots clés contrôlés

Petit ARN nucléaire

Ribonucléoprotéines

Rétroéléments

Éléments LINE

Petits ARN

Nucléoprotéines

Rétrotransposons

Résumé

Le génome humain est constitué de plus de 45 % d'éléments transposables et l'élément LINE-1 (L1), qui représente 17 % de la séquence totale, est le seul élément actif connu de notre génome capable de se mobiliser par rétrotransposition. Les protéines produites par L1 peuvent agir en trans et mobiliser ainsi d'autres séquences telles que le SINE Alu, les ARN messagers cellulaires ou encore le snRNA U6. C'est en partie pour ces raisons que l'élément L1 est considéré comme un acteur majeur de la plasticité de notre génome. Au cours de ce travail, nous nous sommes intéressés au recrutement du snRNA U6 par L1 entraînant la formation de rétropseudogènes chimériques. L'objectif principal était de comprendre ce recrutement et d'utiliser les connaissances sur U6 pour mettre en lumière des étapes du mécanisme de rétrotransposition de L1. Les réssultats obtenus indiquent qu'il existe au moins deux mécanismes distincts pour le recrutement d'ARN cellulaires, et que la transcription inverse de ces ARN peut se faire par choix de matrice ou par échange de matrice. Nous avons ensuite mené une analyse comparative du recrutement des snRNA U6 dans les génomes mammifères. Les résulats obtenus reflètent une grande variabilité de la dynamique de rétrotransposition dans les différents génomes étudiés. Dans un deuxième temps, un nouvel outil moléculaire a été développé pour permettre la détection in vitro et ex vivo des molécules produites par l'élément L1 : l'ARN de L1 et les protéines ORF1p et ORF2p. Cet outil a permis d'initier une approche biochimique et une approche cellulaire afin de détecter la formation du complexe ribonucléoprotéique (RNP) de L1. La première approche a permis d'identifier pour la première fois un complexe basal contenant les trois molécules de L1 et à initier la caractérisation des interactions du complexe. La deuxième approche a permis une observation de l'accumulation cytoplasmique de complexes RNP de L1. L'abolition de ce phénotype par des mutations dans le domaine de liaison à l'ARN de la protéine ORF1p a montré son caractère essentiel dans la formation des complexes RNP de L1.