Taxonomic microarray assessment of rhizosphere bacterial community associated with soil suppressiveness to black root rot disease

• Auteur / Autrice : Martina Kyselková
• Direction : Yvan Moënne-Loccoz, Geneviève Grundmann
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Écologie microbienne
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Lyon 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Rhizosphère

Résumé

Dans les sols résistants, la communauté microbienne rhizosphérique protège la plante des maladies, mais la recherche des microorganismes impliqués n’a pas été systématique et peu de microorganismes contribuant à cette protection sont connus. L’objectif de cette thèse était de caractériser la communauté bactérienne rhizosphérique du tabac dans les sols résistant à la pourriture noire des racines (causée par Thielaviopsis basicola) par la comparaison de différents sols, résistants ou sensibles. L’analyse par puce à ADN (développée dans ce travail à partir de prototypes préexistants) a révélé des différences importantes entre un sol résistant et un sol sensible, suggérant que la résistance du sol pourrait résulter de la contribution de consortia bactériens à la santé de la plante. Au champ, la communauté bactérienne dépendait principalement de l’année et de l’espèce de plante échantillonnée, mais un patron de communauté caractéristique des sols résistants a été identifié. Azospirillum, Herbaspirillum et Sphingomonadaceae sont ainsi proposés comme bioindicateurs de la résistance au champ. La comparaison de sols résistants ou non, prélevés dans différentes régions, a montré que la communauté rhizobactérienne dépendait plus de la région de prélèvement que du caractère résistant des sols. En conclusion, des bioindicateurs de la résistance du sol à la pourriture noire des racines ont été identifiés dans ce travail, ce qui élargit la gamme des taxa bactériens potentiellement impliqués dans la résistance du sol

In disease suppressive soils, the rhizosphere microbial community protects plants from disease but only few microorganisms contributing to suppressiveness have been identified so far. The objective of the thesis was to characterize the rhizosphere bacterial community of soils suppressive to tobacco black root rot (caused by Thielaviopsis basicola) with a 16S taxonomic microarray (developed from previous prototypes). Microarray analysis of rhizobacterial communities from tobacco grown under greenhouse conditions revealed many differences in community composition between suppressive and conducive soil, indicating that black root rot suppressiveness may be brought about by the contribution of different plant-beneficial bacteria. In farmers’ fields, the rhizobacterial community was largely influenced by sampling year and plant species, however, a community pattern characteristic for suppressive soils could be identified despite varying field conditions. Based on these findings, Azospirillum, Herbaspirillum and Sphingomonadaceae were proposed as suppressiveness bioindicators in fields. Comparison of black root rot suppressive and conducive soils from different regions revealed that the rhizobacterial community was mainly determined by the region of origin, while suppressiveness was a less important factor. In conclusion, this work identified novel bacterial taxa that could serve as disease suppressiveness indicators, and it extends the range of bacterial taxa hypothesized to participate to black root rot suppression