Mise en place d'un environnement bioinformatique d'évaluation et de prédiction de l'impact de mutations sur le phénotype de pathologies humaines

From structural mutation to human pathologies phenotypes

• Auteur / Autrice : Nicolas Garnier
• Direction : Gilbert Deléage
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bio-informatique
• Date : Soutenance en 2008
• Etablissement(s) : Lyon 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Réseaux neuronaux (physiologie)

Phénotype

Résumé

Le travail réalisé au cours de cette thèse se focalise sur l'application, à haut débit, de méthodologies bioinformatiques pour étudier les relations genotype/phénotype dans le cadre du projet MS2PH (« de la mutation structurale au phénotype des pathologies humaines »). Nous nous sommes tout d'abord concentré sur la génération de modèles 3D par homologie à haut débit avec le système de génération et de gestion Modeome3D (http://modeome3dpbil. Ibcp. Fr), puis, à la caractérisation des mutations dans un contexte fonctionnel et structural avec le développement de MAGOS (http://pigpbil. Ibcp. Fr/magos/). Nous avons ensuite exploité les capacités intégratives de MAGOS et de modélisation de Modeome3D pour mettre en place MS2PHdb (http://ms2phdbpbil. Ibcp. Fr/), une base de données dédiée aux protéines impliquées dans des maladies monogéniques humaines, qui intègre des données phénotypiques. Enfin, nous avons mis en place une méthode de prédiction utilisant réseaux de neurones et SVM pour prédire l'impact phénotypique d'une mutation

This thesis work focuses on high throughput applications of bioinformatics methodologies to study genotype/phenotype correlations in the context of the MS2PH project (“from Structural Mutation to Human Pathologies Phenotypes”). We first concentrated on the generation of homology models at high throughput level with Modeome3D generation and managment system (http://modeome3dpbil. Ibcp. Fr). Next, the characterization of the mutations in a functional and structural context was addressed by the development of MAGOS (http://pigpbil. Ibcp. Fr/magos/). Finally, we exploited the integrative capabilities of MAGOS, as well as the power of the Decrypthon computation grid to develop MS2PHdb (http://ms2phdbpbil. Ibcp. Fr/), a database dedicated to proteins involved in human monogenic diseases, which also integrates phenotypic data using the ability of modeome3D system. Finally a prediction method using neural network and SVM has been done to predict impact or not of mutation on phenotype.