Thèse soutenue

Méthodologie d'extraction et d'analyse de réseaux de régulation de gènes : analyse de la réponse transcriptionnelle à l'irradiation chez S. cerevisiæ
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Auteur / Autrice : Mohamed Nizar Touleimat
Direction : Florence d' Alché-Buc
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Bioinformatique
Date : Soutenance le 26/11/2008
Etablissement(s) : Evry-Val d'Essonne
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole doctorale des Génomes aux organismes (Versailles ; 2000-2015)
Jury : Président / Présidente : Louis Wehenkel
Examinateurs / Examinatrices : Pierre Dupont, Marie Dutreix, Nicolas Pollet
Rapporteurs / Rapporteuses : Frédéric Devaux, Céline Rouveirol

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Mots clés libres

Résumé

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La réponse cellulaire aux dommages de l'ADN provoqués par l'irradiation (IR) est relativement bien étudiée mais de nombreuses observations montrent l'implication de l'expression de nombreux gènes. Nous souhaitons identifier les différentes formes de la réponse transcriptionnelle à l'IR et reconstruire un réseau de régulation génique impliqué dans son contrôle. La problématique réside dans l'exploitation de dynamiques d'expression de gènes dans des conditions de perturbations génétiques et dans l'intégration d'informations biologiques systémiques. Nous définissons une approche constituée d'une étape automatisée de déduction de régulations à partir de perturbations et de deux étapes d'induction qui permettent d'analyser la dynamique d'expression des gènes et d'extraire des régulations des données additionnelles. Cela nous a permis d'identifier, chez la levure, une réponse complexe à l'IR et de proposer un modèle de régulation dont certaines relations ont été validées expérimentalement.